RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	PIANP	Q8IYJ0	282 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	MFSD4A	Q8N468	514 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	NIPA2	Q8N8Q9	360 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	IPMK	Q8NFU5	416 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	OR52N2	Q8NGI0	321 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM57A	Q8TBR7	257 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	ENOX1	Q8TC92	643 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	TEKT5	Q96M29	485 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	OLFM3	Q96PB7	478 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	SELENOS	Q9BQE4	189 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF670	Q9BS34	389 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	SPATA9	Q9BWV2	254 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	PRDM14	Q9GZV8	571 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	ISCU	Q9H1K1	167 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	HSD3B7	Q9H2F3	369 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	TRPC4	Q9UBN4	977 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	CRLS1	Q9UJA2	301 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	GNPTG	Q9UJJ9	305 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	ANAPC7	Q9UJX3	599 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	NXT1	Q9UKK6	140 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	ASF1A	Q9Y294	204 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	CR1	P17927	2039 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	ABCA1	O95477	2261 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	ROS1	P08922	2347 aa		4.96	□□□□□ -1.61
PTPN4-209	ENST00000469511	IGLV3-16	A0A075B6K0	115 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511		A0A0G2JNJ9	132 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC5A10	A0PJK1	596 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	GABRR3	A8MPY1	467 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	LGALS16	A8MUM7	142 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511		H7C1Q1	480 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC16A5	O15375	505 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CDC40	O60508	579 aa	Known RBP eCLIP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PPM1B	O75688	479 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CBX7	O95931	251 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	IGHA1	P01876	353 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	HEXB	P07686	556 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PYGM	P11217	842 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PECAM1	P16284	738 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FBL	P22087	321 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FDXR	P22570	491 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CXCR2	P25025	360 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PKLR	P30613	574 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	DYNLT1	P63172	113 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	KIR2DS3	Q14952	304 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC14A2	Q15849	920 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	HKDC1	Q2TB90	917 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	BTBD16	Q32M84	506 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CMPK2	Q5EBM0	449 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ZC3H12B	Q5HYM0	836 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FKBP15	Q5T1M5	1219 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC9A4	Q6AI14	798 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	RTL6	Q6ICC9	239 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC25A25	Q6KCM7	469 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CCDC70	Q6NSX1	233 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ARSK	Q6UWY0	536 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PAMR1	Q6UXH9	720 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PRSS41	Q7RTY9	318 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SERPINA9	Q86WD7	417 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TBC1D21	Q8IYX1	336 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF567	Q8N184	647 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	KIF2B	Q8N4N8	673 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ARHGEF39	Q8N4T4	335 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TTC29	Q8NA56	475 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	OR5M9	Q8NGP3	310 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	LKAAEAR1	Q8TD35	194 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ASB5	Q8WWX0	329 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	RND1	Q92730	232 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLCO2A1	Q92959	643 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MBD6	Q96DN6	1003 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	RMND5B	Q96G75	393 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	DCUN1D1	Q96GG9	259 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CCDC138	Q96M89	665 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ERGIC2	Q96RQ1	377 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	COPS8	Q99627	209 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FICD	Q9BVA6	458 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	DEFB127	Q9H1M4	99 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TRABD	Q9H4I3	376 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CDCP1	Q9H5V8	836 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PLEKHF2	Q9H8W4	249 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	KCNK13	Q9HB14	408 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PNPLA3	Q9NST1	481 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	RIC8B	Q9NVN3	520 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TRMT1	Q9NXH9	659 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	OR6C2	Q9NZP2	312 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CAMSAP3	Q9P1Y5	1249 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	IMPACT	Q9P2X3	320 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511		Q9UFV3	132 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	LIMA1	Q9UHB6	759 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	IP6K2	Q9UHH9	426 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM153A	Q9UHL3	310 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CBLC	Q9ULV8	474 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PKP3	Q9Y446	797 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM215A	Q9Y5M1	114 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SCIN	Q9Y6U3	715 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	USF3	Q68DE3	2245 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	DOCK7	Q96N67	2140 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PRR14L	Q5THK1	2151 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PRPF8	Q6P2Q9	2335 aa	Known RBP eCLIP	4.95	□□□□□ -1.62	2e-12	■■■■■ 46.8
PTPN4-209	ENST00000469511		A0A0A6YYC8	382 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62

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