RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597423.1

TRIM28-209, Transcript of tripartite motif containing 28, humanhuman

TSL 3

Gene TRIM28, Length 733 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28-209ENST00000597423 TRIM33Q9UPN9 1127 aa14.73□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 PCDHGA11Q9Y5H2 935 aa14.73□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 EML5Q05BV3 1969 aa14.73□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 PIPSLA2A3N6 862 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 C2orf74A8MZ97 194 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 SLC28A1O00337 649 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 DCTN3O75935 186 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CHRM5P08912 532 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 EPHA8P29322 1005 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 GRK3P35626 688 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 MPLP40238 635 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 IDH3AP50213 366 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 DOC2AQ14183 400 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 PDCD2Q16342 344 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 LPAL2Q16609 132 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 UGT3A2Q3SY77 523 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CHCHD2P9Q5T1J5 151 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 METTL21CQ5VZV1 264 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CLEC6AQ6EIG7 209 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 GRHL2Q6ISB3 625 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 SLCO4C1Q6ZQN7 724 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 OOSP2Q86WS3 158 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 C17orf82Q86X59 251 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 SLC25A45Q8N413 288 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 LINC01555Q8NAE3 123 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 GPR156Q8NFN8 814 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 TWIST2Q8WVJ9 160 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 NEIL2Q969S2 332 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 WDR34Q96EX3 536 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CDK15Q96Q40 435 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 AIF1LQ9BQI0 150 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CCDC28BQ9BUN5 200 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 NUF2Q9BZD4 464 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 ARRDC1-AS1Q9H2J1 176 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 EPB41L1Q9H4G0 881 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 PELI2Q9HAT8 420 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 KCNK13Q9HB14 408 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 EVA1BQ9NVM1 165 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 TAC3Q9UHF0 121 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 ADGRE2Q9UHX3 823 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 GMEB2Q9UKD1 530 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 RNF11Q9Y3C5 154 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 DNAJC15Q9Y5T4 150 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 R4GN57 208 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CEP192Q8TEP8 1941 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 GON4LQ3T8J9 2241 aa14.72□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 PRAMEF33A0A0G2JMD5 474 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 OR6C74A6NCV1 312 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 E7EQ34 232 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 H0YIV9 168 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 RGS14O43566 566 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 NOBOXO60393 691 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CCDC22O60826 627 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 RETP07949 1114 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 AMD1P17707 334 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 EPORP19235 508 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 SERPINB3P29508 390 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 PRDX3P30048 256 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 SERPINB1P30740 379 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 INHBCP55103 352 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 PHEXP78562 749 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 SF3A3Q12874 501 aaKnown RBP eCLIP14.71□□□□□ -0.052e-23■□□□□ 8.6
TRIM28-209ENST00000597423 SHBQ15464 509 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CPSF6Q16630 551 aaKnown RBP eCLIP14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 ICE2Q659A1 982 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 ZCCHC8Q6NZY4 707 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 MED27Q6P2C8 311 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 RNF165Q6ZSG1 346 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 TMPRSS11BQ86T26 416 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 LMNTD1Q8N9Z9 388 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 ABHD11Q8NFV4 315 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 CEP70Q8NHQ1 597 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 ACTRT2Q8TDY3 377 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 SAP25Q8TEE9 199 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 C10orf82Q8WW14 230 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 PATE1Q8WXA2 126 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 C19orf60Q96EN9 201 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 ACAT2Q9BWD1 397 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 MEAF6Q9HAF1 191 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 MRPS30Q9NP92 439 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 TMEM184CQ9NVA4 438 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 NMRK1Q9NWW6 199 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 HRASLS2Q9NWW9 162 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 ZNF225Q9UK10 706 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 TIMM22Q9Y584 194 aa14.71□□□□□ -0.05
TRIM28-209ENST00000597423 GOLGA8QA0A0J9YX86 632 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 GOLGA8OA6NCC3 632 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 LILRA5A6NI73 299 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 TMEM233B4DJY2 109 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 GOLGA8NF8WBI6 632 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 MANBAO00462 879 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 EBAG9O00559 213 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 ZNF195O14628 629 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 NUDT21O43809 227 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 PCDHGA12O60330 932 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 SKAP2O75563 359 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 GPR3P46089 330 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 EPHA4P54764 986 aa14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 MAZP56270 477 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
TRIM28-209ENST00000597423 BTKQ06187 659 aa14.7□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.9 ms