RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 SLC6A20Q9NP91 592 aa15.19■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 RAB21Q9UL25 225 aa15.19■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 IGKV1-8A0A0C4DH67 115 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 FAM159BA6NKW6 160 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 KATNA1O75449 491 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ITGB2P05107 769 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 KLK3P07288 261 aaPredicted RBP15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 C8GP07360 202 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 CAPN1P07384 714 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 FURINP09958 794 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PRKAR1AP10644 381 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 HSD17B2P37059 387 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 GCGRP47871 477 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 TAS2R39P59534 338 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 IL2P60568 153 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 GUCY2DQ02846 1103 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 CDC20Q12834 499 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF460Q14592 562 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 TBR1Q16650 682 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PHKG1Q16816 387 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 CRTC2Q53ET0 693 aaPredicted RBP15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 MBOAT1Q6ZNC8 495 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SYTL1Q8IYJ3 562 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 MYO1HQ8N1T3 1032 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF655Q8N720 491 aaPredicted RBP15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 LSM14AQ8ND56 463 aaKnown RBP15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SLC39A7Q92504 469 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 WBP1Q96G27 269 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 VPS39Q96JC1 886 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 DPH7Q9BTV6 452 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 RHOJQ9H4E5 214 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PARVBQ9HBI1 364 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 NSMCE4AQ9NXX6 385 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 TAC3Q9UHF0 121 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 KCND3Q9UK17 655 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 IKZF3Q9UKT9 509 aa15.18■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 OR2A25A4D2G3 310 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 C21orf140B9A014 251 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZSCAN9O15535 394 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 GSTA2P09210 222 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF37AP17032 561 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SAT1P21673 171 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 CMPK1P30085 196 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 RPA3P35244 121 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 RPS18P62269 152 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PRDX1Q06830 199 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SP140Q13342 867 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 TSTA3Q13630 321 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 LY6DQ14210 128 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 TERF2Q15554 542 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZXDCQ2QGD7 858 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PTCHD3Q3KNS1 767 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 TAF1BQ53T94 588 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ICE2Q659A1 982 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 RHBDD2Q6NTF9 364 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 CEP97Q8IW35 865 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 MCOLN3Q8TDD5 553 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PDLIM5Q96HC4 596 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF285Q96NJ3 590 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SEMA4CQ9C0C4 833 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SLC7A5P2Q9GIP4 190 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 MRPS30Q9NP92 439 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ENAMQ9NRM1 1142 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 STOX2Q9P2F5 926 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 DHCR7Q9UBM7 475 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 MTO1Q9Y2Z2 717 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 AP1M2Q9Y6Q5 423 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ATRXP46100 2492 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PIEZO2Q9H5I5 2752 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 MED13Q9UHV7 2174 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF839A8K0R7 811 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SLC16A5O15375 505 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 CREG1O75629 220 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PRB1P04280 392 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 HBQ1P09105 142 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ERV3-1Q14264 604 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 GLE1Q53GS7 698 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZC3H12BQ5HYM0 836 aaKnown RBP15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 FRMPD2BQ6IN97 320 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 C16orf46Q6P387 395 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 FBXO42Q6P3S6 717 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 TLDC1Q6P9B6 456 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 FAM198BQ6UWH4 519 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 EXD3Q8N9H8 876 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 CCDC138Q96M89 665 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 GPR87Q9BY21 358 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ACTL8Q9H568 366 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SYNPO2LQ9H987 977 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PRDM4Q9UKN5 801 aa15.17■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 LOC105369274A0A096LPK9 316 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 LOC102723532A0A0G2JNH3 316 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 A0A0J9YVX5 310 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 TK2O00142 265 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 WISP3O95389 354 aaPredicted RBP15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 PTPN4P29074 926 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 MC1RQ01726 317 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 KBTBD12Q3ZCT8 623 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 FAM69BQ5VUD6 431 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF425Q6IV72 752 aa15.16■□□□□ 0.02
CLN3-201ENST00000333496 SBSNQ6UWP8 590 aa15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 76.4 ms