RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 PTERQ96BW5 349 aa15.53■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 IP6K3Q96PC2 410 aa15.53■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 DESI2Q9BSY9 194 aa15.53■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 CHRNA10Q9GZZ6 450 aa15.53■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 ILKAPQ9H0C8 392 aaPredicted RBP15.53■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 CUEDC1Q9NWM3 386 aaPredicted RBP15.53■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 ERRFI1Q9UJM3 462 aaPredicted RBP15.53■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 SRPK3Q9UPE1 567 aa15.53■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 IFNB1P01574 187 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 CD9P21926 228 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 GLRBP48167 497 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 RAB28P51157 221 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 GRB7Q14451 532 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 CYP2A13Q16696 494 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 FCRL6Q6DN72 434 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 AFTPHQ6ULP2 937 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 SLC22A15Q8IZD6 547 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 DTWD1Q8N5C7 304 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 MENTQ9BUN1 341 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 CAMSAP3Q9P1Y5 1249 aaPredicted RBP15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 NTNG1Q9Y2I2 539 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 CSAG2Q9Y5P2 127 aa15.52■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 HEATR9A2RTY3 570 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 KRT87PA6NCN2 255 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 MIF4GDA9UHW6 222 aaKnown RBP15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CLDN1O95832 211 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ALPPP05187 535 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CD63P08962 238 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ITGA3P26006 1051 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 VARSP26640 1264 aaKnown RBP15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 GCGRP47871 477 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 PLOD1Q02809 727 aaPredicted RBP15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 HIF1AQ16665 826 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 FASTKD1Q53R41 847 aaKnown RBP15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 DNAJC21Q5F1R6 531 aaKnown RBP15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ZNF787Q6DD87 383 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CUZD1Q86UP6 607 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 SYCE1Q8N0S2 351 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ZADH2Q8N4Q0 377 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 METTL27Q8N6F8 245 aaPredicted RBP15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 C1orf54Q8WWF1 131 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 MRFAP1L1Q96HT8 127 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 TTC1Q99614 292 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 RBSNQ9H1K0 784 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ATP13A2Q9NQ11 1180 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 MARCH4Q9P2E8 410 aaPredicted RBP15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CDC23Q9UJX2 597 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 FBXL4Q9UKA2 621 aa15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 COPG1Q9Y678 874 aaKnown RBP15.51■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 E7EVH7 732 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 AGPSO00116 658 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 LIASO43766 372 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 KDM1AO60341 852 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 GPC4O75487 556 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 SUN1O94901 812 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 GAS8O95995 478 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 IGHEP01854 428 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ADRA1DP25100 572 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 PRAMEP78395 509 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 KIF5AQ12840 1032 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 SNX1Q13596 522 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 SF1Q15637 639 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 KCTD19Q17RG1 926 aaPredicted RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CCSMST1Q4G0I0 132 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CRB2Q5IJ48 1285 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 FIGLAQ6QHK4 219 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 IGFL3Q6UXB1 125 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 OVCH1Q7RTY7 1134 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 HES6Q96HZ4 224 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 BAG1Q99933 345 aaPredicted RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 MESP1Q9BRJ9 268 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CARD6Q9BX69 1037 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 SOX17Q9H6I2 414 aaPredicted RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 SLC6A20Q9NP91 592 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CHRAC1Q9NRG0 131 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 RAB6BQ9NRW1 208 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 STOX2Q9P2F5 926 aaPredicted RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ZNF148Q9UQR1 794 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 TCAF1Q9Y4C2 921 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CAPN6Q9Y6Q1 641 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 SHANK1Q9Y566 2161 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 TEX15Q9BXT5 2789 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ANKUB1A6NFN9 424 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 SOCS6O14544 535 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 DDAH2O95865 285 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ZSCAN5DPP0CG00 497 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 AOAHP28039 575 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 STIP1P31948 543 aaKnown RBP15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 OR1D4P47884 311 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ACVR1Q04771 509 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 OASLQ15646 514 aaKnown RBP15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 NKG7Q16617 165 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 Q6ZS92 163 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 COX15Q7KZN9 410 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 TMEM139Q8IV31 216 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 PARP9Q8IXQ6 854 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 OR2L8Q8NGY9 312 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 ASZ1Q8WWH4 475 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 DLG3Q92796 817 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-246ENST00000636228 CUTCQ9NTM9 273 aa15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 57.5 ms