RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		11.54	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PPP2R1A	P30153	589 aa		11.54	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		11.54	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	LRP5	O75197	1615 aa		11.53	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	POLD1	P28340	1107 aa		11.53	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PROM2	Q8N271	834 aa		11.53	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	MTFR1L	Q9H019	292 aa		11.53	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	HMOX1	P09601	288 aa		11.52	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	11.52	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	11.52	□□□□□ -0.56	8e-9	■□□□□ 10.7
USP3-208	ENST00000558285	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		11.52	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	AK7	Q96M32	723 aa		11.52	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PIGB	Q92521	554 aa		11.52	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		11.51	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	FCHSD2	O94868	740 aa		11.51	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	ATXN8OS	P0DMR3	200 aa		11.51	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	LHX8	Q68G74	356 aa		11.51	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	11.51	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		11.5	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	SIK1	P57059	783 aa		11.5	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	11.5	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		11.49	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	ATP6V1A	P38606	617 aa		11.49	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	PLCB2	Q00722	1185 aa		11.49	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	TEF	Q10587	303 aa		11.49	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		11.49	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		11.49	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	AKT1S1	Q96B36	256 aa		11.49	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	11.48	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		11.48	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		11.48	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	MAP3K5	Q99683	1374 aa		11.47	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	PRKAR2B	P31323	418 aa		11.47	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	11.47	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		11.47	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	11.47	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB7A	O95365	584 aa		11.46	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	SSFA2	P28290	1259 aa		11.46	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		11.46	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	ATG3	Q9NT62	314 aa		11.46	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	LY75	O60449	1722 aa		11.46	□□□□□ -0.57
USP3-208	ENST00000558285	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	11.46	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	ZNF827	Q17R98	1081 aa		11.46	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	11.46	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		11.46	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	11.45	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		11.45	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	PAPPA	Q13219	1627 aa		11.45	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	11.45	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	GNPAT	O15228	680 aa		11.44	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		11.44	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	11.44	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		11.44	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	STARD3NL	O95772	234 aa		11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	ARX	Q96QS3	562 aa		11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	ITGB4	P16144	1822 aa		11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	C5	P01031	1676 aa		11.43	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		11.42	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		11.42	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	KCNQ4	P56696	695 aa		11.42	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	CASZ1	Q86V15	1759 aa		11.41	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	PHF14	O94880	888 aa		11.41	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	RFC4	P35249	363 aa		11.41	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	MRC1	P22897	1456 aa		11.41	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	BTBD11	A6QL63	1104 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	C4B	P0C0L5	1744 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285		A0A087WZG4	1122 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	ANP32C	O43423	234 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	RPS6KA4	O75676	772 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	LGR6	Q9HBX8	967 aa		11.4	□□□□□ -0.58
USP3-208	ENST00000558285	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	PTGER2	P43116	358 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	KLHL34	Q8N239	644 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	ZPR1	O75312	459 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	PRKCSH	P14314	528 aa	Predicted RBP	11.38	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	ITPK1	Q13572	414 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	NFE2L2	Q16236	605 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	ZNF790	Q6PG37	636 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	MYCN	P04198	464 aa	Predicted RBP	11.38	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	11.38	□□□□□ -0.59
USP3-208	ENST00000558285	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		11.38	□□□□□ -0.59

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