Protein–RNA interactions for Protein: Q9JLI2

Col5a3, Collagen type V alpha 3 chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,739 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col5a3Q9JLI2 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC43.34■■■■■ 4.53
Col5a3Q9JLI2 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
Col5a3Q9JLI2 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.35■■■■□ 3.89
Col5a3Q9JLI2 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC37.92■■■■□ 3.66
Col5a3Q9JLI2 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC37.69■■■■□ 3.62
Col5a3Q9JLI2 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC37.07■■■■□ 3.52
Col5a3Q9JLI2 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
Col5a3Q9JLI2 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
Col5a3Q9JLI2 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
Col5a3Q9JLI2 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Col5a3Q9JLI2 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC36.07■■■■□ 3.36
Col5a3Q9JLI2 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
Col5a3Q9JLI2 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC35.29■■■■□ 3.24
Col5a3Q9JLI2 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
Col5a3Q9JLI2 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC34.98■■■■□ 3.19
Col5a3Q9JLI2 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
Col5a3Q9JLI2 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
Col5a3Q9JLI2 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
Col5a3Q9JLI2 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
Col5a3Q9JLI2 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC34.49■■■■□ 3.11
Col5a3Q9JLI2 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
Col5a3Q9JLI2 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
Col5a3Q9JLI2 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
Col5a3Q9JLI2 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Col5a3Q9JLI2 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
Col5a3Q9JLI2 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
Col5a3Q9JLI2 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
Col5a3Q9JLI2 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
Col5a3Q9JLI2 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
Col5a3Q9JLI2 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
Col5a3Q9JLI2 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
Col5a3Q9JLI2 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
Col5a3Q9JLI2 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
Col5a3Q9JLI2 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC33.64■■■□□ 2.98
Col5a3Q9JLI2 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
Col5a3Q9JLI2 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
Col5a3Q9JLI2 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Col5a3Q9JLI2 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
Col5a3Q9JLI2 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
Col5a3Q9JLI2 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Col5a3Q9JLI2 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
Col5a3Q9JLI2 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Col5a3Q9JLI2 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
Col5a3Q9JLI2 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Col5a3Q9JLI2 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
Col5a3Q9JLI2 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC32.75■■■□□ 2.83
Col5a3Q9JLI2 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Col5a3Q9JLI2 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Col5a3Q9JLI2 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC32.57■■■□□ 2.8
Col5a3Q9JLI2 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC32.46■■■□□ 2.79
Col5a3Q9JLI2 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC32.43■■■□□ 2.78
Col5a3Q9JLI2 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
Col5a3Q9JLI2 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
Col5a3Q9JLI2 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Col5a3Q9JLI2 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
Col5a3Q9JLI2 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC32.25■■■□□ 2.75
Col5a3Q9JLI2 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC32.22■■■□□ 2.75
Col5a3Q9JLI2 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
Col5a3Q9JLI2 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.74
Col5a3Q9JLI2 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
Col5a3Q9JLI2 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
Col5a3Q9JLI2 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
Col5a3Q9JLI2 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC32.11■■■□□ 2.73
Col5a3Q9JLI2 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
Col5a3Q9JLI2 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
Col5a3Q9JLI2 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
Col5a3Q9JLI2 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.94■■■□□ 2.7
Col5a3Q9JLI2 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
Col5a3Q9JLI2 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
Col5a3Q9JLI2 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
Col5a3Q9JLI2 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC31.83■■■□□ 2.69
Col5a3Q9JLI2 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
Col5a3Q9JLI2 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
Col5a3Q9JLI2 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
Col5a3Q9JLI2 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
Col5a3Q9JLI2 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.7■■■□□ 2.67
Col5a3Q9JLI2 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
Col5a3Q9JLI2 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
Col5a3Q9JLI2 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.65
Col5a3Q9JLI2 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
Col5a3Q9JLI2 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC31.52■■■□□ 2.64
Col5a3Q9JLI2 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
Col5a3Q9JLI2 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
Col5a3Q9JLI2 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
Col5a3Q9JLI2 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
Col5a3Q9JLI2 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
Col5a3Q9JLI2 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
Col5a3Q9JLI2 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
Col5a3Q9JLI2 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
Col5a3Q9JLI2 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
Col5a3Q9JLI2 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC31.27■■■□□ 2.6
Col5a3Q9JLI2 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC31.21■■■□□ 2.59
Col5a3Q9JLI2 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.58
Col5a3Q9JLI2 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
Col5a3Q9JLI2 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
Col5a3Q9JLI2 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
Col5a3Q9JLI2 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
Col5a3Q9JLI2 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
Col5a3Q9JLI2 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
Col5a3Q9JLI2 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.8 ms