Protein–RNA interactions for Protein: P54254

Atxn1, Ataxin-1, mousemouse

Predictions only

Length 791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atxn1P54254 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC39.04■■■■□ 3.84
Atxn1P54254 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
Atxn1P54254 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
Atxn1P54254 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC34.21■■■■□ 3.07
Atxn1P54254 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
Atxn1P54254 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Atxn1P54254 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
Atxn1P54254 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
Atxn1P54254 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
Atxn1P54254 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC32.57■■■□□ 2.8
Atxn1P54254 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC32.51■■■□□ 2.79
Atxn1P54254 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
Atxn1P54254 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
Atxn1P54254 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.88■■■□□ 2.69
Atxn1P54254 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
Atxn1P54254 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
Atxn1P54254 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC31.74■■■□□ 2.67
Atxn1P54254 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
Atxn1P54254 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
Atxn1P54254 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
Atxn1P54254 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
Atxn1P54254 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC31.03■■■□□ 2.56
Atxn1P54254 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
Atxn1P54254 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
Atxn1P54254 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
Atxn1P54254 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
Atxn1P54254 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
Atxn1P54254 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
Atxn1P54254 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
Atxn1P54254 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Atxn1P54254 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
Atxn1P54254 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
Atxn1P54254 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Atxn1P54254 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.77■■■□□ 2.36
Atxn1P54254 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Atxn1P54254 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
Atxn1P54254 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Atxn1P54254 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
Atxn1P54254 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Atxn1P54254 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
Atxn1P54254 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Atxn1P54254 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Atxn1P54254 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Atxn1P54254 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
Atxn1P54254 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Atxn1P54254 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Atxn1P54254 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
Atxn1P54254 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Atxn1P54254 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Atxn1P54254 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Atxn1P54254 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Atxn1P54254 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Atxn1P54254 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Atxn1P54254 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Atxn1P54254 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Atxn1P54254 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Atxn1P54254 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
Atxn1P54254 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Atxn1P54254 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Atxn1P54254 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Atxn1P54254 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Atxn1P54254 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Atxn1P54254 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Atxn1P54254 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Atxn1P54254 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Atxn1P54254 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Atxn1P54254 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Atxn1P54254 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Atxn1P54254 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Atxn1P54254 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Atxn1P54254 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Atxn1P54254 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Atxn1P54254 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Atxn1P54254 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Atxn1P54254 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Atxn1P54254 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Atxn1P54254 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Atxn1P54254 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Atxn1P54254 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Atxn1P54254 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Atxn1P54254 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Atxn1P54254 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Atxn1P54254 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Atxn1P54254 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Atxn1P54254 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Atxn1P54254 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Atxn1P54254 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Atxn1P54254 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
Atxn1P54254 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Atxn1P54254 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Atxn1P54254 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Atxn1P54254 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Atxn1P54254 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Atxn1P54254 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
Atxn1P54254 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Atxn1P54254 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
Atxn1P54254 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
Atxn1P54254 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Atxn1P54254 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Atxn1P54254 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.4 ms