Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RNU6-824P-201ENST00000363724 104 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNA5SP117-201ENST00000365294 118 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
USP4Q13107 AC078980.1-201ENST00000485384 262 ntTSL 2 BASIC1.71□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU7-161P-201ENST00000517289 62 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
USP4Q13107 UHRF1BP1L-203ENST00000545232 4088 ntTSL 1 (best) BASIC1.71□□□□□ -2.14
USP4Q13107 TRAJ53-201ENST00000390485 66 ntAPPRIS P1 BASIC1.7□□□□□ -2.14
USP4Q13107 U3.27-201ENST00000391237 200 ntBASIC1.7□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU6-587P-201ENST00000391282 106 ntBASIC1.7□□□□□ -2.14
USP4Q13107 MIR942-201ENST00000401111 86 ntBASIC1.7□□□□□ -2.14
USP4Q13107 SNORD53B-201ENST00000577887 78 ntBASIC1.7□□□□□ -2.14
USP4Q13107 AL136317.1-201ENST00000612653 226 ntBASIC1.7□□□□□ -2.14
USP4Q13107 MIR644A-201ENST00000385262 94 ntBASIC1.69□□□□□ -2.14
USP4Q13107 AP1B1P2-201ENST00000416196 106 ntBASIC1.69□□□□□ -2.14
USP4Q13107 MIR2113-201ENST00000459007 91 ntBASIC1.69□□□□□ -2.14
USP4Q13107 AC002350.1-201ENST00000490759 375 ntBASIC1.69□□□□□ -2.14
USP4Q13107 ANGPTL3-201ENST00000371129 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.69□□□□□ -2.14
USP4Q13107 TRAJ3-201ENST00000390534 62 ntAPPRIS P1 BASIC1.68□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU6-1177P-201ENST00000391058 104 ntBASIC1.68□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU6-321P-201ENST00000410912 106 ntBASIC1.68□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU7-104P-201ENST00000459398 79 ntBASIC1.68□□□□□ -2.14
USP4Q13107 MIR3920-201ENST00000581751 86 ntBASIC1.68□□□□□ -2.14
USP4Q13107 TFEC-204ENST00000457268 6309 ntTSL 3 BASIC1.67□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU6-1241P-201ENST00000384536 107 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU6-634P-201ENST00000459134 106 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU6-1110P-201ENST00000516462 101 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
USP4Q13107 MIR548AG2-201ENST00000581228 64 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
USP4Q13107 MIR3675-201ENST00000583661 73 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
USP4Q13107 U6.81-201ENST00000612550 106 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
USP4Q13107 NEAT1_2.1-201ENST00000620525 105 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
USP4Q13107 MIR154-201ENST00000385243 84 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
USP4Q13107 RNU7-95P-201ENST00000459222 64 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
USP4Q13107 TRMT112P2-201ENST00000512910 132 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
USP4Q13107 BX248123.2-201ENST00000606318 124 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
USP4Q13107 Y_RNA.226-201ENST00000364337 114 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU6-1126P-201ENST00000384002 107 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
USP4Q13107 FABP5P4-201ENST00000437203 171 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
USP4Q13107 U7.7-201ENST00000459276 60 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
USP4Q13107 DLEU2_3.2-201ENST00000612883 73 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
USP4Q13107 AC067863.3-201ENST00000624172 122 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
USP4Q13107 MIR4773-1-201ENST00000637203 78 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
USP4Q13107 SNORD105-201ENST00000386910 85 ntBASIC1.64□□□□□ -2.15
USP4Q13107 FAM19A1-204ENST00000617084 159 ntTSL 5 BASIC1.64□□□□□ -2.15
USP4Q13107 MIR1323-201ENST00000408090 73 ntBASIC1.63□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU6-539P-201ENST00000516665 103 ntBASIC1.63□□□□□ -2.15
USP4Q13107 TRAJ37-201ENST00000612375 65 ntAPPRIS P1 BASIC1.63□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU6-382P-201ENST00000365181 106 ntBASIC1.62□□□□□ -2.15
USP4Q13107 SNORA67.6-201ENST00000391093 99 ntBASIC1.62□□□□□ -2.15
USP4Q13107 MIR1287-201ENST00000408492 90 ntBASIC1.62□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU1-123P-201ENST00000458950 160 ntBASIC1.62□□□□□ -2.15
USP4Q13107 AL078603.1-201ENST00000603824 313 ntBASIC1.62□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU1-42P-201ENST00000364033 160 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU6-590P-201ENST00000365039 107 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU6-540P-201ENST00000384622 101 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
USP4Q13107 MIR617-201ENST00000385030 97 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU6-469P-201ENST00000516253 101 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
USP4Q13107 GNAS-AS1_4.1-201ENST00000616546 112 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
USP4Q13107 AC244669.1-204ENST00000621564 178 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
USP4Q13107 Y_RNA.258-201ENST00000364613 105 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
USP4Q13107 SNORD115-31-201ENST00000365318 82 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
USP4Q13107 MIR19B1-201ENST00000384829 87 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
USP4Q13107 MIR517C-201ENST00000385103 95 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
USP4Q13107 SNORD124-201ENST00000459577 104 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
USP4Q13107 SNORA7.1-201ENST00000363750 139 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU6-649P-201ENST00000384463 107 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
USP4Q13107 SNORD28-201ENST00000384706 75 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
USP4Q13107 MIR519E-201ENST00000385075 84 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
USP4Q13107 SNORD30.1-201ENST00000391309 70 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU6-274P-201ENST00000459566 107 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
USP4Q13107 RNU1-92P-201ENST00000517017 135 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
USP4Q13107 SNORD45.1-201ENST00000363181 77 ntBASIC1.58□□□□□ -2.16
USP4Q13107 AL138808.1-201ENST00000441428 371 ntTSL 2 BASIC1.58□□□□□ -2.16
USP4Q13107 RNU6-135P-201ENST00000516769 101 ntBASIC1.58□□□□□ -2.16
USP4Q13107 SNORA31.24-201ENST00000517232 57 ntBASIC1.58□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR4639-201ENST00000584938 69 ntBASIC1.58□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR216B-201ENST00000390186 82 ntBASIC1.57□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR8070-201ENST00000616510 88 ntBASIC1.57□□□□□ -2.16
USP4Q13107 SNORD26-201ENST00000384147 75 ntBASIC1.56□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR200A-201ENST00000384875 90 ntBASIC1.56□□□□□ -2.16
USP4Q13107 Y_RNA.327-201ENST00000365201 102 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
USP4Q13107 RNU6-1335P-201ENST00000365426 107 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR499A-201ENST00000384903 122 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR548L-201ENST00000408303 86 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR3678-201ENST00000578455 94 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
USP4Q13107 AC244098.3-201ENST00000424803 96 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
USP4Q13107 AL691482.2-201ENST00000457453 84 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR4421-201ENST00000578133 69 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR3612-201ENST00000579753 87 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
USP4Q13107 ABCA5-201ENST00000392676 8220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 SNORD18A-201ENST00000363753 72 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR573-201ENST00000384964 99 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR320A-201ENST00000385302 82 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 RNU6-663P-201ENST00000391105 106 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 AL354695.1-201ENST00000427935 228 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 RNU7-74P-201ENST00000459104 62 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 NAMPTP3-201ENST00000569273 224 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR7974-201ENST00000615835 79 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 MIR548O2-201ENST00000616090 70 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
USP4Q13107 CCDC68-202ENST00000432185 4014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.52□□□□□ -2.17
USP4Q13107 MIR26B-201ENST00000362251 77 ntBASIC1.52□□□□□ -2.17
USP4Q13107 RNU6-495P-201ENST00000362995 107 ntBASIC1.52□□□□□ -2.17
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