Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 Y_RNA.13-201ENST00000362403 112 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-315P-201ENST00000362666 107 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 SNORD113.3-201ENST00000364630 78 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-934P-201ENST00000365154 107 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6ATAC38P-201ENST00000408119 126 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR1257-201ENST00000408490 117 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-1054P-201ENST00000411293 104 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-75P-201ENST00000515944 104 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 SNORA18.5-201ENST00000516616 101 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 UBE3A-225ENST00000636667 5726 ntTSL 5 BASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 SLC9C2-201ENST00000367714 4428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.13□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNA5SP99-201ENST00000364020 114 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNA5SP160-201ENST00000364866 120 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 Y_RNA.536-201ENST00000384621 113 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-466P-201ENST00000391224 103 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 AC015818.7-201ENST00000428754 109 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 TRAJ51-201ENST00000504127 63 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-295P-201ENST00000516901 104 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 AC007991.3-201ENST00000517623 502 ntTSL 4 BASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR6082-201ENST00000613604 109 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 KIAA1107-201ENST00000370378 4622 ntTSL 5 BASIC2.12□□□□□ -2.07
USP4Q13107 HFM1-201ENST00000370425 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.11□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-957P-201ENST00000363652 99 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR676-201ENST00000390702 67 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU7-195P-201ENST00000458793 62 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-1194P-201ENST00000516208 104 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP4Q13107 AC036111.3-201ENST00000526389 112 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP4Q13107 AC012493.3-201ENST00000604494 112 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP4Q13107 Y_RNA.783-201ENST00000613546 102 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
USP4Q13107 PTPRQ-209ENST00000616559 8165 ntTSL 5 BASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 OMD-201ENST00000375550 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-132P-201ENST00000383863 107 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RN7SKP88-201ENST00000516847 250 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR548H5-201ENST00000580314 60 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 AL096840.1-201ENST00000603287 93 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 7SK.8-201ENST00000612110 250 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR6845-201ENST00000613182 61 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 7SK.11-201ENST00000615477 250 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 7SK.13-201ENST00000622040 250 ntBASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 XIRP2-201ENST00000295237 5246 ntTSL 2 BASIC2.1□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIER3-204ENST00000381226 5210 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU1-78P-201ENST00000391248 165 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNA5SP458-201ENST00000516188 119 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU1-40P-201ENST00000516816 164 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU1-97P-201ENST00000516872 164 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR4771-2-201ENST00000577758 74 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR3064-201ENST00000581130 66 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR4771-1-201ENST00000582617 74 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 SNORD92-201ENST00000585078 85 ntBASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 VPS35-212ENST00000640313 141 ntTSL 5 BASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 TBL1XR1-208ENST00000430069 7948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.09□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIRLET7F1-201ENST00000362202 87 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU6-1094P-201ENST00000362416 104 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 SNORA63.2-201ENST00000362603 126 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 Y_RNA.56-201ENST00000362798 112 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 MIR583-201ENST00000384846 75 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 MIR548U-201ENST00000390728 81 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 SNORA75.2-201ENST00000391138 150 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 SNORA75.3-201ENST00000391231 150 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 SNORA26.9-201ENST00000391322 122 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AC025033.1-201ENST00000463883 194 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 SNORA31.2-201ENST00000516019 134 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 MIR3198-2-201ENST00000577868 80 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AC104996.3-201ENST00000590718 94 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU7-10P-201ENST00000607194 63 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AC145423.2-201ENST00000610631 239 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 U7.4-201ENST00000614961 63 ntBASIC2.08□□□□□ -2.08
USP4Q13107 PTPRQ-208ENST00000614701 8289 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.07□□□□□ -2.08
USP4Q13107 Y_RNA.491-201ENST00000384417 107 ntBASIC2.07□□□□□ -2.08
USP4Q13107 MIR125B2-201ENST00000385128 89 ntBASIC2.07□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AL135923.1-201ENST00000413066 196 ntTSL 3 BASIC2.07□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RPS27P16-201ENST00000425758 201 ntBASIC2.07□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AC023827.1-201ENST00000569247 97 ntBASIC2.07□□□□□ -2.08
USP4Q13107 ZNF260-205ENST00000593142 4047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.07□□□□□ -2.08
USP4Q13107 PPP1R3A-201ENST00000284601 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.06□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU6-161P-201ENST00000363051 106 ntBASIC2.06□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU6-1229P-201ENST00000364295 107 ntBASIC2.06□□□□□ -2.08
USP4Q13107 Y_RNA.363-201ENST00000365529 113 ntBASIC2.06□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AC073261.1-201ENST00000429409 121 ntBASIC2.06□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AC092628.1-201ENST00000436250 252 ntBASIC2.06□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU6-557P-201ENST00000516842 110 ntBASIC2.06□□□□□ -2.08
USP4Q13107 MIR934-201ENST00000401241 83 ntBASIC2.05□□□□□ -2.08
USP4Q13107 SNORD111-201ENST00000408139 94 ntBASIC2.05□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AL603825.1-201ENST00000438481 80 ntBASIC2.05□□□□□ -2.08
USP4Q13107 Y_RNA.809-201ENST00000516058 95 ntBASIC2.05□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU6-1108P-201ENST00000516308 104 ntBASIC2.05□□□□□ -2.08
USP4Q13107 ZGRF1-202ENST00000309071 3347 ntTSL 1 (best) BASIC2.04□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU6-686P-201ENST00000364839 107 ntBASIC2.04□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RPS27-201ENST00000368567 350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.04□□□□□ -2.08
USP4Q13107 Y_RNA.697-201ENST00000516776 113 ntBASIC2.04□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU6-765P-201ENST00000516916 99 ntBASIC2.04□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNU7-156P-201ENST00000517214 74 ntBASIC2.04□□□□□ -2.08
USP4Q13107 MIRLET7A1-201ENST00000362295 80 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 SNORA25.9-201ENST00000365087 128 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 MIR518E-201ENST00000385252 88 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 IL6ST-207ENST00000396816 168 ntTSL 1 (best) BASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RPS26P5-201ENST00000418544 335 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 AC008834.1-201ENST00000511612 175 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 RNA5SP182-201ENST00000516064 82 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 MIR4422-201ENST00000581938 83 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
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