Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RNU6-860P-201ENST00000410860 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-1217P-201ENST00000411276 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-785P-201ENST00000411324 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 AC009474.2-201ENST00000451383 136 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU2-19P-201ENST00000517288 84 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR5194-201ENST00000582634 120 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 U6.90-201ENST00000614007 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 U6.70-201ENST00000620287 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 WARS-244ENST00000627608 123 ntTSL 5 BASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 AKAP9-203ENST00000359028 12247 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 UHMK1-204ENST00000545294 8117 ntTSL 2 BASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNY1P13-201ENST00000365030 105 ntBASIC2.6□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNA5SP237-201ENST00000410414 113 ntBASIC2.6□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU7-48P-201ENST00000458875 63 ntBASIC2.6□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU1-98P-201ENST00000458992 160 ntBASIC2.6□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNA5SP445-201ENST00000515889 115 ntBASIC2.6□□□□□ -1.99
USP4Q13107 ZNRD1-AS1_3.8-201ENST00000611686 104 ntBASIC2.6□□□□□ -1.99
USP4Q13107 ZMYM1-203ENST00000373330 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.59□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR513A1-201ENST00000385138 129 ntBASIC2.59□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU1-41P-201ENST00000516161 162 ntBASIC2.59□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU1-48P-201ENST00000516400 162 ntBASIC2.59□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MTND5P40-201ENST00000559945 246 ntBASIC2.59□□□□□ -1.99
USP4Q13107 NAALADL2-203ENST00000454872 9865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.59□□□□□ -2
USP4Q13107 AC008781.2-201ENST00000502205 2480 ntTSL 1 (best) BASIC2.59□□□□□ -2
USP4Q13107 U8.2-201ENST00000363156 134 ntBASIC2.58□□□□□ -2
USP4Q13107 Y_RNA.191-201ENST00000363972 113 ntBASIC2.58□□□□□ -2
USP4Q13107 RNA5SP138-201ENST00000365098 114 ntBASIC2.58□□□□□ -2
USP4Q13107 SNORA3.2-201ENST00000408221 125 ntBASIC2.58□□□□□ -2
USP4Q13107 AC027119.1-201ENST00000440877 241 ntBASIC2.58□□□□□ -2
USP4Q13107 AC055731.1-201ENST00000474387 401 ntBASIC2.58□□□□□ -2
USP4Q13107 FAM13A-AS1_1.1-201ENST00000612555 119 ntBASIC2.58□□□□□ -2
USP4Q13107 COMMD6-213ENST00000626103 120 ntTSL 5 BASIC2.58□□□□□ -2
USP4Q13107 RNU6-1244P-201ENST00000363614 108 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 RNU6-787P-201ENST00000384032 107 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 MIR144-201ENST00000384886 86 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 AL359511.1-201ENST00000402970 211 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 Y_RNA.609-201ENST00000410669 89 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 AL161935.2-201ENST00000414627 60 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 COX7A2-206ENST00000472311 325 ntTSL 2 BASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 AC141846.1-201ENST00000568348 142 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 AC012676.2-201ENST00000619258 186 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 ZNF658B-202ENST00000615961 3375 ntBASIC2.57□□□□□ -2
USP4Q13107 Y_RNA.437-201ENST00000384113 113 ntBASIC2.56□□□□□ -2
USP4Q13107 RNU6-439P-201ENST00000384188 106 ntBASIC2.56□□□□□ -2
USP4Q13107 SNORD38.2-201ENST00000384470 69 ntBASIC2.56□□□□□ -2
USP4Q13107 RNA5SP212-201ENST00000391223 107 ntBASIC2.56□□□□□ -2
USP4Q13107 Y_RNA.611-201ENST00000410682 108 ntBASIC2.56□□□□□ -2
USP4Q13107 AC244023.1-201ENST00000426884 112 ntBASIC2.56□□□□□ -2
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USP4Q13107 AC242498.1-201ENST00000604134 111 ntBASIC2.56□□□□□ -2
USP4Q13107 PRELID3BP2-201ENST00000605362 201 ntBASIC2.56□□□□□ -2
USP4Q13107 DENND4A-202ENST00000443035 8665 ntTSL 1 (best) BASIC2.56□□□□□ -2
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USP4Q13107 RNU4-53P-201ENST00000410828 140 ntBASIC2.55□□□□□ -2
USP4Q13107 RNU7-171P-201ENST00000459581 62 ntBASIC2.55□□□□□ -2
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USP4Q13107 AC245884.12-201ENST00000615364 59 ntBASIC2.55□□□□□ -2
USP4Q13107 NEDD1-204ENST00000457368 3162 ntTSL 2 BASIC2.55□□□□□ -2
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USP4Q13107 RNA5SP456-201ENST00000364002 114 ntBASIC2.54□□□□□ -2
USP4Q13107 Y_RNA.313-201ENST00000365095 103 ntBASIC2.54□□□□□ -2
USP4Q13107 Y_RNA.426-201ENST00000384068 113 ntBASIC2.54□□□□□ -2
USP4Q13107 SNORD111.1-201ENST00000516421 86 ntBASIC2.54□□□□□ -2
USP4Q13107 RNA5SP395-201ENST00000516567 118 ntBASIC2.54□□□□□ -2
USP4Q13107 AC133485.1-201ENST00000567176 124 ntBASIC2.54□□□□□ -2
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USP4Q13107 AP001362.1-201ENST00000625165 124 ntBASIC2.54□□□□□ -2
USP4Q13107 SENP7-206ENST00000394094 4703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.53□□□□□ -2
USP4Q13107 STX7-202ENST00000367941 15791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.53□□□□□ -2
USP4Q13107 Y_RNA.173-201ENST00000363776 113 ntBASIC2.53□□□□□ -2
USP4Q13107 SNORD41-201ENST00000386967 70 ntBASIC2.53□□□□□ -2
USP4Q13107 RNA5SP425-201ENST00000410336 112 ntBASIC2.53□□□□□ -2
USP4Q13107 MIR4666B-201ENST00000578142 81 ntBASIC2.53□□□□□ -2
USP4Q13107 TRAJ36-201ENST00000614481 58 ntAPPRIS P1 BASIC2.53□□□□□ -2
USP4Q13107 AL662814.1-201ENST00000617364 121 ntBASIC2.53□□□□□ -2
USP4Q13107 ASPM-202ENST00000367408 3747 ntTSL 1 (best) BASIC2.53□□□□□ -2.01
USP4Q13107 NEDD4-205ENST00000506154 6751 ntTSL 1 (best) BASIC2.53□□□□□ -2.01
USP4Q13107 MIR548BB-201ENST00000626714 66 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
USP4Q13107 MIER3-202ENST00000381199 5188 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.52□□□□□ -2.01
USP4Q13107 RNU6-509P-201ENST00000363519 107 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 RNA5SP48-201ENST00000363969 126 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 MIR181B2-201ENST00000385004 89 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 RNU6ATAC37P-201ENST00000408328 131 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 snoU13.2-201ENST00000459201 104 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 MIR6840-201ENST00000611937 71 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 MIR1291-201ENST00000627649 87 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 HS1BP3-208ENST00000631166 78 ntTSL 5 BASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 XPO4-202ENST00000400602 9884 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 ENAM-201ENST00000396073 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 ZBTB6-201ENST00000373659 4106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.51□□□□□ -2.01
USP4Q13107 LIFR-201ENST00000263409 10089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.5□□□□□ -2.01
USP4Q13107 FSIP2-206ENST00000611759 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.5□□□□□ -2.01
USP4Q13107 AC080100.1-201ENST00000624239 5356 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
USP4Q13107 RNU6-633P-201ENST00000362612 103 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
USP4Q13107 RNU6-949P-201ENST00000384040 107 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
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