Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 5S_rRNA.3-201ENST00000517021 110 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AC096720.1-201ENST00000604441 183 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 5S_rRNA.19-201ENST00000612131 110 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 5S_rRNA.18-201ENST00000621941 110 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 TAB2-201ENST00000367456 4553 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.81□□□□□ -1.96
USP4Q13107 Y_RNA.96-201ENST00000363092 109 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNY1P1-201ENST00000364372 112 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNU6-342P-201ENST00000384521 104 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AC073127.1-201ENST00000447336 333 ntTSL 3 BASIC2.8□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AC234781.5-201ENST00000508429 271 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
USP4Q13107 AC108729.3-201ENST00000513484 108 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
USP4Q13107 SNORD14A-201ENST00000606526 91 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RGPD6-201ENST00000329516 7165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.8□□□□□ -1.96
USP4Q13107 PIK3CA-201ENST00000263967 9093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.79□□□□□ -1.96
USP4Q13107 OR2J3-203ENST00000641960 3342 ntAPPRIS P1 BASIC2.79□□□□□ -1.96
USP4Q13107 Y_RNA.705-201ENST00000516862 110 ntBASIC2.79□□□□□ -1.96
USP4Q13107 HMSD-204ENST00000526932 162 ntTSL 3 BASIC2.79□□□□□ -1.96
USP4Q13107 MIR3124-201ENST00000582636 67 ntBASIC2.79□□□□□ -1.96
USP4Q13107 CCPG1-203ENST00000442196 3453 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.78□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNU4ATAC16P-201ENST00000408512 126 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
USP4Q13107 RNU7-2P-201ENST00000516096 62 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
USP4Q13107 SNORA31.17-201ENST00000516953 127 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
USP4Q13107 MIR3945-201ENST00000581853 98 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
USP4Q13107 MIR6817-201ENST00000615588 66 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
USP4Q13107 CENPE-201ENST00000265148 8612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.77□□□□□ -1.97
USP4Q13107 SNORD78.1-201ENST00000390866 65 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
USP4Q13107 AC109327.2-201ENST00000448339 378 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
USP4Q13107 AC011753.1-201ENST00000451001 220 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
USP4Q13107 UBL5P1-201ENST00000507979 193 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNA5SP282-201ENST00000516355 108 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
USP4Q13107 MIR4764-201ENST00000580680 88 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
USP4Q13107 MIR3605-201ENST00000583214 100 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
USP4Q13107 Y_RNA.219-201ENST00000364232 113 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 Y_RNA.354-201ENST00000365448 111 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-360P-201ENST00000390944 104 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-972P-201ENST00000391208 107 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-887P-201ENST00000410660 100 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 AL513328.1-201ENST00000446460 224 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 AC022137.1-201ENST00000483735 151 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 SNORA9.3-201ENST00000516383 129 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 Y_RNA.685-201ENST00000516532 108 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU7-43P-201ENST00000516554 64 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 MIR376B-201ENST00000614515 100 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP4Q13107 ZNF451-208ENST00000491832 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNA5SP68-201ENST00000363885 119 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 Y_RNA.247-201ENST00000364500 92 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 MIR520C-201ENST00000385005 87 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 AL023284.1-201ENST00000403956 276 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNA5SP450-201ENST00000411206 102 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-917P-201ENST00000516294 104 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-638P-201ENST00000516582 104 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNA5SP82-201ENST00000516707 92 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 MIR8065-201ENST00000620577 100 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 AC008133.2-201ENST00000624540 351 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 NFIA-AS1-206ENST00000630199 220 ntTSL 5 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNA5SP393-201ENST00000363423 117 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-203P-201ENST00000384038 104 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 SNORD116-22-201ENST00000384430 92 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 MIR206-201ENST00000384872 86 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU2-40P-201ENST00000410833 196 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 AC090844.1-201ENST00000422019 156 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNA5SP148-201ENST00000516527 94 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU7-35P-201ENST00000517174 62 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 DLEU2_6.1-201ENST00000610536 112 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 Z97988.1-201ENST00000637697 135 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP4Q13107 DNAH7-201ENST00000312428 12394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 BRDT-206ENST00000402388 3125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 Y_RNA.73-201ENST00000362910 113 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 SNORA3A-201ENST00000364113 130 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-1307P-201ENST00000391012 103 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-402P-201ENST00000410678 103 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-1086P-201ENST00000410930 100 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-602P-201ENST00000411155 105 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RPL39P39-201ENST00000455840 151 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 SNORA31.25-201ENST00000517242 134 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 MIR4439-201ENST00000583746 80 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-86P-201ENST00000606534 107 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 SIRT1-203ENST00000406900 3295 ntTSL 2 BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 DYNC2H1-202ENST00000375735 13678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP4Q13107 APC-201ENST00000257430 10701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.72□□□□□ -1.97
USP4Q13107 SNORA67.4-201ENST00000384688 142 ntBASIC2.72□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU6-813P-201ENST00000384691 107 ntBASIC2.72□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU7-79P-201ENST00000516082 62 ntBASIC2.72□□□□□ -1.97
USP4Q13107 SNORA31.11-201ENST00000516528 139 ntBASIC2.72□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RNU7-193P-201ENST00000516723 65 ntBASIC2.72□□□□□ -1.97
USP4Q13107 MIR4635-201ENST00000583759 79 ntBASIC2.72□□□□□ -1.97
USP4Q13107 AC104984.5-201ENST00000586878 94 ntBASIC2.72□□□□□ -1.97
USP4Q13107 RICTOR-202ENST00000357387 9543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.71□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-497P-201ENST00000365316 104 ntBASIC2.71□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNA5SP181-201ENST00000410246 98 ntBASIC2.71□□□□□ -1.98
USP4Q13107 SNORD67.1-201ENST00000516618 108 ntBASIC2.71□□□□□ -1.98
USP4Q13107 DEFB122-202ENST00000569013 197 ntBASIC2.71□□□□□ -1.98
USP4Q13107 MIR548AO-201ENST00000579992 96 ntBASIC2.71□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AL160408.5-201ENST00000607759 526 ntTSL 4 BASIC2.71□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC005336.3-201ENST00000623833 2679 ntBASIC2.71□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-1123P-201ENST00000362347 106 ntBASIC2.7□□□□□ -1.98
USP4Q13107 SNORD58A-201ENST00000383875 65 ntBASIC2.7□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-1237P-201ENST00000384777 107 ntBASIC2.7□□□□□ -1.98
USP4Q13107 U8.15-201ENST00000390947 134 ntBASIC2.7□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-267P-201ENST00000516714 103 ntBASIC2.7□□□□□ -1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 105.7 ms