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| FXN | Q16595 | SCARNA15-202 | ENST00000516881 | 127 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
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| FXN | Q16595 | MIR5007-201 | ENST00000583098 | 95 nt | BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| FXN | Q16595 | ZNF732-201 | ENST00000419098 | 2193 nt | APPRIS P2 TSL 2 BASIC | 2.2 | □□□□□ -2.06 | | |
| FXN | Q16595 | CCPG1-203 | ENST00000442196 | 3453 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| FXN | Q16595 | RNU6-309P-201 | ENST00000364573 | 106 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| FXN | Q16595 | RNU6-959P-201 | ENST00000384671 | 107 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
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| FXN | Q16595 | RNU2-40P-201 | ENST00000410833 | 196 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
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| FXN | Q16595 | RPL23AP42-201 | ENST00000471152 | 471 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
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| FXN | Q16595 | RNA5SP148-201 | ENST00000516527 | 94 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| FXN | Q16595 | RNU7-70P-201 | ENST00000516941 | 66 nt | BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
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| FXN | Q16595 | PYGO1-201 | ENST00000302000 | 8488 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.19 | □□□□□ -2.06 | | |
| FXN | Q16595 | SNORD115-34-201 | ENST00000362441 | 82 nt | BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |
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| FXN | Q16595 | SNORD115-29-201 | ENST00000362834 | 82 nt | BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |