Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 RNU6-1338P-201ENST00000516328 91 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNY3P16-201ENST00000516338 101 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-388P-201ENST00000517012 105 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-389P-201ENST00000517048 105 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 SNRPGP20-201ENST00000604477 205 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.772-201ENST00000606692 102 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AC011373.1-201ENST00000607270 237 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 5S_rRNA.11-201ENST00000618635 84 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 U4.1-201ENST00000620349 87 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AC008873.1-201ENST00000625051 138 ntBASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RBMS2-209ENST00000639027 192 ntTSL 5 BASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 LINC01790-201ENST00000447194 2852 ntTSL 2 BASIC1.16□□□□□ -2.22
SHHQ15465 KLRA1P-203ENST00000535939 2353 ntTSL 1 (best) BASIC1.15□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.14-201ENST00000362415 103 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-112P-201ENST00000363599 104 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-137P-201ENST00000363680 108 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-379P-201ENST00000363813 104 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.276-201ENST00000364732 109 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-740P-201ENST00000364734 105 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORA20B-201ENST00000384220 132 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-975P-201ENST00000384296 105 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-360P-201ENST00000390944 104 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORA26.5-201ENST00000391215 123 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNA5SP467-201ENST00000391274 118 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL031003.1-201ENST00000404229 172 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC069023.1-201ENST00000442231 221 ntTSL 3 BASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 U8.19-201ENST00000459095 133 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORD65B-201ENST00000459126 73 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1143P-201ENST00000516125 104 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-111P-201ENST00000517179 105 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 U6.108-201ENST00000637764 58 ntBASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 BCL2L11-225ENST00000640419 249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 LRRIQ3-204ENST00000395089 2673 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC1.15□□□□□ -2.23
SHHQ15465 TPTE2-204ENST00000400103 1652 ntTSL 5 BASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.54-201ENST00000362766 105 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.115-201ENST00000363272 98 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-414P-201ENST00000363705 104 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-801P-201ENST00000364087 105 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 LINC00583-201ENST00000381010 387 ntTSL 2 BASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORD26-201ENST00000384147 75 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORD63-201ENST00000384262 68 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1026P-201ENST00000384465 108 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-939P-201ENST00000384634 107 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-417P-201ENST00000384712 107 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-713P-201ENST00000384761 107 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR586-201ENST00000385035 97 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MT-TR-201ENST00000387439 65 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL117342.1-201ENST00000404861 406 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR1302-3-201ENST00000408128 138 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR1278-201ENST00000408753 81 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU2-54P-201ENST00000410299 190 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC091959.1-201ENST00000495857 238 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-191P-201ENST00000516295 94 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.681-201ENST00000516445 113 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR2355-201ENST00000517199 87 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-902P-201ENST00000517212 91 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU7-128P-201ENST00000517247 62 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC025647.1-201ENST00000517879 253 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNHG14-219ENST00000553134 470 ntTSL 2 BASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC026470.2-201ENST00000561492 181 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL590095.2-201ENST00000604136 117 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORD114-21-201ENST00000606412 72 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC005828.6-201ENST00000606610 232 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC062037.2-201ENST00000610137 73 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL138825.1-201ENST00000618587 192 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC127459.3-201ENST00000624328 466 ntBASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SERPINI2-207ENST00000476257 1837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.14□□□□□ -2.23
SHHQ15465 LRRIQ1-202ENST00000393217 5394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORD33-201ENST00000362761 85 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-862P-201ENST00000362804 105 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-324P-201ENST00000363957 106 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.243-201ENST00000364481 109 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-702P-201ENST00000364982 107 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 SNORA72.2-201ENST00000365028 127 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-290P-201ENST00000365212 101 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-438P-201ENST00000365561 103 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1264P-201ENST00000383891 107 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-296P-201ENST00000384608 107 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.562-201ENST00000384695 113 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR1302-6-201ENST00000408466 90 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR1267-201ENST00000408723 78 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RPL30P13-201ENST00000418873 348 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC015922.2-201ENST00000435593 184 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 HMGN2P34-201ENST00000437647 269 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.637-201ENST00000459424 114 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC008852.1-201ENST00000510198 451 ntTSL 2 BASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC090821.2-201ENST00000523552 176 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AC011921.3-201ENST00000605540 361 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL008718.3-201ENST00000610217 321 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 AL353149.1-201ENST00000610667 244 ntBASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 PLD1-217ENST00000627725 174 ntTSL 5 BASIC1.13□□□□□ -2.23
SHHQ15465 CEP290-201ENST00000309041 7616 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR26B-201ENST00000362251 77 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 MIR302D-201ENST00000362275 68 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-1266P-201ENST00000362794 105 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.65-201ENST00000362846 100 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 U3.8-201ENST00000363675 217 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 RNU6-407P-201ENST00000365280 104 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.518-201ENST00000384552 113 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
SHHQ15465 Y_RNA.569-201ENST00000384749 103 ntBASIC1.12□□□□□ -2.23
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