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| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.620-201 | ENST00000411009 | 88 nt | BASIC | 3.49 | □□□□□ -1.85 | | |
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| FOXD4L3 | Q6VB84 | CHD9-218 | ENST00000566029 | 13110 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.47 | □□□□□ -1.85 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | AL161912.2-201 | ENST00000565707 | 3007 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.85 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | LTN1-201 | ENST00000361371 | 7685 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | OSTN-201 | ENST00000339051 | 402 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.298-201 | ENST00000364960 | 107 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
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| FOXD4L3 | Q6VB84 | AL353795.2-201 | ENST00000431804 | 425 nt | TSL 2 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
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| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-795P-201 | ENST00000516323 | 103 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | AC024610.1-201 | ENST00000582685 | 323 nt | TSL 3 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | CDKN2B-AS.1-201 | ENST00000617921 | 150 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | U6.105-201 | ENST00000637379 | 88 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-117P-201 | ENST00000365415 | 107 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.454-201 | ENST00000384224 | 113 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.545-201 | ENST00000384652 | 105 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
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| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNA5SP511-201 | ENST00000410487 | 115 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
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| FOXD4L3 | Q6VB84 | GABRG2-209 | ENST00000638660 | 3799 nt | TSL 5 BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | CEP44-203 | ENST00000426172 | 3037 nt | TSL 5 BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | MIR22-201 | ENST00000362190 | 85 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.190-201 | ENST00000363964 | 101 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-944P-201 | ENST00000364023 | 107 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-60P-201 | ENST00000364792 | 103 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.316-201 | ENST00000365118 | 111 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-690P-201 | ENST00000365242 | 106 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | SNORD24-201 | ENST00000383884 | 75 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | SNORA7.4-201 | ENST00000384249 | 137 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
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| FOXD4L3 | Q6VB84 | TRAJ42-201 | ENST00000390495 | 66 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU4-69P-201 | ENST00000410677 | 143 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.611-201 | ENST00000410682 | 108 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | AC245102.2-201 | ENST00000448956 | 180 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | AC080013.2-201 | ENST00000460866 | 323 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | MIR3117-201 | ENST00000584034 | 78 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | AL356280.1-201 | ENST00000603614 | 379 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | AC021443.1-201 | ENST00000604478 | 211 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | MIR7112-201 | ENST00000616126 | 65 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | AC090517.3-201 | ENST00000625170 | 141 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | MIR7157-201 | ENST00000635801 | 60 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | MIR7515-201 | ENST00000637837 | 67 nt | BASIC | 3.44 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | CCDC30-201 | ENST00000340612 | 2664 nt | APPRIS P2 TSL 5 BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-888P-201 | ENST00000363010 | 101 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-832P-201 | ENST00000363319 | 107 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-1209P-201 | ENST00000363655 | 107 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.796-201 | ENST00000364268 | 102 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNA5SP72-201 | ENST00000364442 | 117 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | Y_RNA.799-201 | ENST00000364992 | 102 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | RNU6-234P-201 | ENST00000365229 | 104 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | MIR183-201 | ENST00000384958 | 110 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | MIR34B-201 | ENST00000385076 | 84 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |
| FOXD4L3 | Q6VB84 | MIR887-201 | ENST00000401258 | 79 nt | BASIC | 3.43 | □□□□□ -1.86 | | |