Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 Y_RNA.602-201ENST00000410535 92 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNA5SP100-201ENST00000410903 110 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNA5SP59-201ENST00000410922 110 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AP001043.2-201ENST00000434589 288 ntTSL 3 BASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 LINC02238-202ENST00000436262 320 ntTSL 3 BASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL353743.2-202ENST00000439544 473 ntTSL 3 BASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC116563.1-201ENST00000505454 396 ntTSL 3 BASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORA40.9-201ENST00000515895 93 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-1114P-201ENST00000516022 107 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNY3P15-201ENST00000516297 97 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-567P-201ENST00000516746 107 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU7-4P-201ENST00000516961 62 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 5S_rRNA.3-201ENST00000517021 110 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL356133.2-201ENST00000521572 371 ntTSL 3 BASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MDM2-232ENST00000544561 213 ntTSL 5 BASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR3923-201ENST00000579521 83 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC005786.1-201ENST00000588553 154 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 5S_rRNA.19-201ENST00000612131 110 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR7974-201ENST00000615835 79 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 5S_rRNA.18-201ENST00000621941 110 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL807742.1-203ENST00000637444 759 ntTSL 5 BASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR424-201ENST00000362227 98 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-23P-201ENST00000363283 107 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.144-201ENST00000363521 113 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU1-133P-201ENST00000364867 167 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.424-201ENST00000384063 103 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.541-201ENST00000384640 113 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.574-201ENST00000384766 95 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR628-201ENST00000385229 95 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR548B-201ENST00000385247 97 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL357139.1-201ENST00000407792 426 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-101P-201ENST00000410323 104 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-651P-201ENST00000411040 105 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-1199P-201ENST00000411249 104 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 NCKAP5-IT1-201ENST00000416437 554 ntTSL 4 BASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 EBAG9P1-201ENST00000418955 543 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL135790.2-201ENST00000437701 267 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC007215.1-201ENST00000464893 276 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC067942.3-201ENST00000512025 362 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORA40.14-201ENST00000516543 86 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-307P-201ENST00000516743 106 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC100807.1-201ENST00000517640 552 ntTSL 5 BASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC023442.1-201ENST00000531247 422 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 EIF4A1P12-201ENST00000551910 141 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR4300-201ENST00000581016 96 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR5006-201ENST00000583027 110 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC005520.5-201ENST00000613926 164 ntBASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 C9orf84-205ENST00000394779 5060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC1.26□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.27-201ENST00000362540 103 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORA33-201ENST00000363664 130 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.172-201ENST00000363765 102 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORD115-8-201ENST00000363856 82 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-770P-201ENST00000363929 105 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORD114-6-201ENST00000364393 72 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORD115-38-201ENST00000365037 82 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-418P-201ENST00000384035 107 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-20P-201ENST00000384106 107 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.446-201ENST00000384178 104 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.477-201ENST00000384352 108 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU2-38P-201ENST00000410856 79 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MTCYBP9-201ENST00000431021 303 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC005002.2-201ENST00000438228 269 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC073325.1-201ENST00000443714 542 ntTSL 4 BASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC027419.1-201ENST00000522976 328 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SUB1P4-201ENST00000566062 339 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR3169-201ENST00000578032 83 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 CENPF-206ENST00000614578 528 ntTSL 5 BASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC005562.2-201ENST00000618264 111 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 ST7-OT4_2.1-201ENST00000619089 172 ntBASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC011604.2-202ENST00000540229 2451 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC1.25□□□□□ -2.21
SHHQ15465 ZGRF1-208ENST00000505019 6652 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.124-201ENST00000363339 93 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-626P-201ENST00000363354 107 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 U3.9-201ENST00000363823 204 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORA63.7-201ENST00000365579 123 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNY3P4-201ENST00000384428 101 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR758-201ENST00000390227 88 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 TRAJ48-201ENST00000390489 63 ntAPPRIS P1 BASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC016909.1-201ENST00000415916 166 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MTCO1P44-201ENST00000441935 243 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU7-14P-201ENST00000459331 62 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC144568.1-201ENST00000520139 137 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC040936.1-201ENST00000534543 172 ntTSL 5 BASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC018448.1-201ENST00000552843 316 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL442663.2-201ENST00000554385 511 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC100781.1-201ENST00000597142 383 ntTSL 3 BASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL390123.1-201ENST00000603216 237 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC211469.2-201ENST00000605461 205 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC135050.6-201ENST00000610813 528 ntTSL 3 BASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC010999.1-201ENST00000611856 324 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AP001282.2-201ENST00000616149 309 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 hsa-mir-548d-1.1-201ENST00000636914 97 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 EVI2B-201ENST00000330927 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 ATP11C-202ENST00000361648 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 BX322639.1-202ENST00000423987 2213 ntBASIC1.24□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC007370.2-201ENST00000506899 2694 ntTSL 5 BASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.84-201ENST00000363011 104 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.179-201ENST00000363844 90 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNA5SP493-201ENST00000364115 91 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-1305P-201ENST00000364353 104 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
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