Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC079760.1-201ENST00000456952 202 ntTSL 3 BASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 LINC02269-201ENST00000509968 511 ntTSL 3 BASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 PHBP14-201ENST00000512887 367 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNU6-781P-201ENST00000516377 101 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 SNORA70.18-201ENST00000516696 98 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 JPX_2.1-201ENST00000614161 69 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 NPPA-AS1_2.1-201ENST00000618496 149 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR7515-201ENST00000637837 67 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 SLC27A2-203ENST00000544960 2025 ntTSL 2 BASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 PHTF2-202ENST00000275575 4541 ntTSL 1 (best) BASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ZCCHC10-202ENST00000355372 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ZNF483-201ENST00000309235 3655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 PTPN22-211ENST00000538253 3575 ntTSL 1 (best) BASIC3.76□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ADAT2-203ENST00000606514 6651 ntTSL 1 (best) BASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 Y_RNA.35-201ENST00000362601 101 ntBASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR490-201ENST00000384865 128 ntBASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 TRAJ17-201ENST00000390520 63 ntAPPRIS P1 BASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 Y_RNA.621-201ENST00000411065 96 ntBASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AL513477.1-202ENST00000417061 214 ntBASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AL035415.1-201ENST00000447150 289 ntTSL 5 BASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RN7SL807P-201ENST00000470923 297 ntBASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 SNORA4.4-201ENST00000515921 135 ntBASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNU1-104P-201ENST00000517280 175 ntBASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AL357054.2-201ENST00000607644 423 ntTSL 5 BASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 DDX60L-207ENST00000505890 4568 ntTSL 2 BASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ADGRV1-201ENST00000405460 19557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AKAP7-209ENST00000541650 2008 ntTSL 5 BASIC3.75□□□□□ -1.81
USP4Q13107 CCDC178-213ENST00000583930 3094 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNU6-1164P-201ENST00000364428 107 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNU6-1138P-201ENST00000365359 106 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 LINC01201-201ENST00000412420 294 ntTSL 3 BASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RPL21P10-201ENST00000463521 490 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RN7SKP19-201ENST00000516016 252 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNU6-365P-201ENST00000517113 106 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 CEP57-213ENST00000541150 2911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AC022469.2-201ENST00000554759 396 ntTSL 5 BASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR4662B-201ENST00000579498 81 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR3199-1-201ENST00000582434 88 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AC091178.2-201ENST00000584401 117 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ZNRD1-AS1_2.5-201ENST00000614729 76 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR8058-201ENST00000615737 89 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 U6.73-201ENST00000619194 103 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ABCC9-202ENST00000261201 4650 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AL136360.1-201ENST00000503377 1900 ntBASIC3.74□□□□□ -1.81
USP4Q13107 DMXL1-201ENST00000311085 11072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 SUGT1-201ENST00000310528 14131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 Y_RNA.52-201ENST00000362760 96 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNU1-33P-201ENST00000364249 162 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR548A1-201ENST00000385041 97 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 U6atac.2-201ENST00000408644 118 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNA5SP127-201ENST00000411051 133 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AL583835.2-201ENST00000435483 500 ntTSL 2 BASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AC009969.1-201ENST00000438726 172 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 SNORA74D-201ENST00000516404 141 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNU6-126P-201ENST00000516685 103 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 SNORD59.2-201ENST00000516873 68 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RN7SKP209-201ENST00000516888 304 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNU6-1096P-201ENST00000517089 102 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 SCARNA3-201ENST00000517097 143 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 NDUFB9P3-201ENST00000521269 501 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AC011461.1-201ENST00000592671 357 ntTSL 3 BASIC3.73□□□□□ -1.81
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USP4Q13107 AC004832.5-201ENST00000608677 401 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 U2.20-201ENST00000613956 192 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR5739-201ENST00000619803 80 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 FOXP2-227ENST00000638397 240 ntTSL 5 BASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AC080128.1-201ENST00000474389 1917 ntBASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ATM-203ENST00000452508 12954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AGL-206ENST00000370165 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.73□□□□□ -1.81
USP4Q13107 DICER1-203ENST00000526495 10331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 DDIAS-201ENST00000329143 3367 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 WNK3-205ENST00000620763 5400 ntTSL 5 BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNF38-203ENST00000353739 4945 ntTSL 1 (best) BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RNA5SP50-201ENST00000363731 107 ntBASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR624-201ENST00000385217 97 ntBASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MICF-203ENST00000432679 129 ntBASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AC093259.1-201ENST00000509755 300 ntBASIC3.72□□□□□ -1.81
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USP4Q13107 AP002992.1-202ENST00000530842 551 ntTSL 2 BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AC104564.2-201ENST00000581240 270 ntTSL 3 BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 MIR7851-201ENST00000610611 160 ntBASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 AC025166.1-201ENST00000612411 163 ntBASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 UGP2-230ENST00000626380 276 ntTSL 5 BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ZNF266-204ENST00000590306 3317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 KIF21A-203ENST00000541463 4866 ntTSL 1 (best) BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 RFESD-202ENST00000380005 2587 ntTSL 2 BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 PGGT1B-203ENST00000419445 9545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.72□□□□□ -1.81
USP4Q13107 SULT1B1-201ENST00000310613 7115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.71□□□□□ -1.81
USP4Q13107 TUG1-202ENST00000521091 2110 ntTSL 1 (best) BASIC3.71□□□□□ -1.81
USP4Q13107 USP33-201ENST00000357428 4155 ntTSL 5 BASIC3.71□□□□□ -1.81
USP4Q13107 ABCA5-208ENST00000588877 6525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 CCDC141-202ENST00000409284 6960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 KIAA1524-206ENST00000491772 3877 ntTSL 1 (best) BASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR891A-201ENST00000401237 79 ntBASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNA5SP89-201ENST00000410300 108 ntBASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC123900.1-201ENST00000420390 96 ntBASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AL135790.1-201ENST00000427161 157 ntTSL 3 BASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AP001486.1-201ENST00000463339 476 ntBASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RN7SL601P-201ENST00000471221 293 ntBASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC007751.1-201ENST00000529260 376 ntBASIC3.71□□□□□ -1.82
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