Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 VNN1-201ENST00000367928 3106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC108866.1-201ENST00000503073 2339 ntTSL 5 BASIC3.87□□□□□ -1.79
USP4Q13107 NAIP-205ENST00000508426 4153 ntTSL 1 (best) BASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 GABRG2-213ENST00000639046 3058 ntTSL 5 BASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNA5SP295-201ENST00000362655 121 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNU1-72P-201ENST00000362976 153 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 Y_RNA.91-201ENST00000363042 107 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 Y_RNA.634-201ENST00000364811 113 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 Y_RNA.630-201ENST00000411370 108 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 HMGN2P18-201ENST00000450680 270 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC110768.1-201ENST00000509222 400 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 IGKV1-33-202ENST00000558152 324 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MIR3922-201ENST00000585192 84 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 IGKV1D-33-202ENST00000611734 324 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 U6.105-201ENST00000637379 88 ntBASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 PRRG1-202ENST00000449135 4481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 BRCA2-206ENST00000544455 10984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 CADM2-AS1-201ENST00000476021 2656 ntTSL 1 (best) BASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 KIAA1107-203ENST00000637221 4337 ntTSL 1 (best) BASIC3.86□□□□□ -1.79
USP4Q13107 TAX1BP1-213ENST00000543117 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 CNOT6L-201ENST00000504123 8843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RNA5SP72-201ENST00000364442 117 ntBASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 TRDJ2-201ENST00000390475 54 ntAPPRIS P1 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 FAR2P3-204ENST00000434661 444 ntTSL 2 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RPL27AP5-201ENST00000469428 449 ntBASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 SNORD77.4-201ENST00000516158 81 ntBASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 CPSF6-207ENST00000551516 234 ntTSL 2 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MIR4679-2-201ENST00000578358 77 ntBASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MIR3117-201ENST00000584034 78 ntBASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC023490.1-201ENST00000614584 375 ntTSL 2 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 LINC01068-202ENST00000620874 626 ntTSL 3 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC011718.1-201ENST00000622906 375 ntTSL 1 (best) BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MIR1248-201ENST00000629190 106 ntBASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 ETDC-201ENST00000635820 180 ntAPPRIS P1 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 PALMD-205ENST00000615664 1844 ntTSL 5 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 PHC3-215ENST00000495893 12666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 WDR49-201ENST00000308378 2594 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 CDC27-207ENST00000531206 3177 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC093725.1-201ENST00000508135 2672 ntTSL 5 BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 WDR72-201ENST00000360509 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC091564.4-201ENST00000533934 2194 ntBASIC3.85□□□□□ -1.79
USP4Q13107 OR8K3-204ENST00000641689 2380 ntAPPRIS P1 BASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RXFP1-205ENST00000448688 3861 ntTSL 1 (best) BASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 N4BP2L2-211ENST00000504114 2513 ntTSL 5 BASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC093908.1-201ENST00000623125 8092 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 GABRG2-229ENST00000641017 3628 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 Y_RNA.280-201ENST00000364765 112 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 SNORA14A-201ENST00000364773 135 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MIR184-201ENST00000384962 84 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 MIR34B-201ENST00000385076 84 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC126124.2-201ENST00000413542 321 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AL136985.1-201ENST00000424592 395 ntTSL 3 BASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 U91324.1-201ENST00000442864 447 ntTSL 5 BASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 RPS4XP11-201ENST00000446897 772 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 SNORD105B-201ENST00000458770 79 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC093663.1-201ENST00000497190 394 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AC007179.3-201ENST00000604976 235 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 U6.98-201ENST00000637157 84 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 AP000553.6-201ENST00000641242 118 ntBASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 EMSY-210ENST00000529032 6848 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.84□□□□□ -1.79
USP4Q13107 TSLP-202ENST00000379706 2411 ntTSL 1 (best) BASIC3.84□□□□□ -1.8
USP4Q13107 MMS22L-202ENST00000369251 3949 ntTSL 2 BASIC3.84□□□□□ -1.8
USP4Q13107 FZD3-201ENST00000240093 13736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.84□□□□□ -1.8
USP4Q13107 C2orf78-201ENST00000409561 3045 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.84□□□□□ -1.8
USP4Q13107 NOX4-202ENST00000343727 3347 ntTSL 2 BASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 FOXP2-224ENST00000635534 4290 ntTSL 5 BASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 DDX6-206ENST00000534980 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RNU1-22P-201ENST00000363334 158 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RNU6-525P-201ENST00000363685 104 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RNU6-755P-201ENST00000364400 103 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RNA5SP424-201ENST00000390988 115 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 CYCSP4-201ENST00000429682 331 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 NDUFB1P1-201ENST00000435191 180 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RPL39P40-201ENST00000445481 146 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 AC245102.2-201ENST00000448956 180 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RN7SL293P-201ENST00000481765 281 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 AC010255.2-201ENST00000505209 428 ntTSL 3 BASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 SNORD33.1-201ENST00000516213 88 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 Y_RNA.690-201ENST00000516603 95 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RNU7-172P-201ENST00000517125 64 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RNU6-711P-201ENST00000517255 106 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 AP001458.1-201ENST00000532626 92 ntTSL 3 BASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 MIR3613-201ENST00000579844 87 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 MIR4438-201ENST00000585271 93 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 C1orf141-205ENST00000475209 2079 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 AC091152.2-201ENST00000591628 2569 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 SYNE1-207ENST00000367255 27748 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 AC058791.1-201ENST00000608412 3198 ntBASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 STEAP4-202ENST00000380079 9988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.83□□□□□ -1.8
USP4Q13107 BCLAF1-213ENST00000530767 4186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 CEP170-202ENST00000366542 6828 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 AC025164.2-202ENST00000499685 5699 ntTSL 3 BASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RNU6-508P-201ENST00000363231 103 ntBASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 RNU6-1209P-201ENST00000363655 107 ntBASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 Y_RNA.796-201ENST00000364268 102 ntBASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 Y_RNA.799-201ENST00000364992 102 ntBASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 MIR483-201ENST00000385070 76 ntBASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 SNORD11-201ENST00000459124 84 ntBASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 TRBV12-2-201ENST00000489763 344 ntBASIC3.82□□□□□ -1.8
USP4Q13107 AC018630.3-201ENST00000542637 96 ntBASIC3.82□□□□□ -1.8
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