| BRD3 | Q15059 | RNU6-1019P-201 | ENST00000364424 | 107 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-1240P-201 | ENST00000365155 | 104 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.500-201 | ENST00000384466 | 111 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-296P-201 | ENST00000384608 | 107 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA69.1-201 | ENST00000390904 | 137 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC114482.1-201 | ENST00000418010 | 247 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL592431.2-201 | ENST00000422198 | 171 nt | TSL 3 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | FAR2P3-204 | ENST00000434661 | 444 nt | TSL 2 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | LINC01032-201 | ENST00000451690 | 276 nt | TSL 5 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
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| BRD3 | Q15059 | RN7SKP49-201 | ENST00000516675 | 260 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC099850.3-201 | ENST00000577678 | 321 nt | TSL 3 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AC084781.2-201 | ENST00000615568 | 161 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
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| BRD3 | Q15059 | FGF7-206 | ENST00000614567 | 3936 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC131280.1-202 | ENST00000624067 | 4211 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.287-201 | ENST00000364853 | 94 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP160-201 | ENST00000364866 | 120 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-1040P-201 | ENST00000383974 | 107 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
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| BRD3 | Q15059 | MRPS18CP6-201 | ENST00000423587 | 223 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
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| BRD3 | Q15059 | MIR2355-201 | ENST00000517199 | 87 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC103794.1-201 | ENST00000531763 | 197 nt | TSL 3 BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | ZBBX-205 | ENST00000455345 | 3185 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-1301P-201 | ENST00000362724 | 104 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-1266P-201 | ENST00000362794 | 105 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-490P-201 | ENST00000362985 | 107 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA33-201 | ENST00000363664 | 130 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | XGY1-201 | ENST00000381172 | 446 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | TRAJ23-201 | ENST00000390514 | 63 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.592-201 | ENST00000410274 | 109 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | MTND3P22-201 | ENST00000510932 | 243 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC008892.1-201 | ENST00000511861 | 384 nt | TSL 3 BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC008413.1-201 | ENST00000511864 | 177 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP24-201 | ENST00000516478 | 95 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP281-201 | ENST00000516504 | 135 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP364-201 | ENST00000516938 | 78 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC084364.2-201 | ENST00000546924 | 395 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC116312.1-201 | ENST00000606841 | 314 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC103810.8-201 | ENST00000607347 | 118 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | PLD1-217 | ENST00000627725 | 174 nt | TSL 5 BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | ZNF658B-202 | ENST00000615961 | 3375 nt | BASIC | 2.29 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | MTND5P10-201 | ENST00000603719 | 1809 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC010615.1-201 | ENST00000594254 | 1764 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA72.2-201 | ENST00000365028 | 127 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-1264P-201 | ENST00000383891 | 107 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | MIR520A-201 | ENST00000384862 | 85 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | MIR515-2-201 | ENST00000384883 | 83 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | MIR515-1-201 | ENST00000384884 | 83 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA48.3-201 | ENST00000391081 | 134 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | ELOCP21-201 | ENST00000412558 | 336 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL589935.1-209 | ENST00000432050 | 418 nt | TSL 5 BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | LINC02545-201 | ENST00000525381 | 306 nt | TSL 3 BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AP001825.1-201 | ENST00000534275 | 351 nt | TSL 2 BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | GNAI2P1-201 | ENST00000541815 | 315 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL160408.5-201 | ENST00000607759 | 526 nt | TSL 4 BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | uc_338.20-201 | ENST00000621563 | 178 nt | BASIC | 2.28 | □□□□□ -2.04 | | |
| BRD3 | Q15059 | PTPN22-206 | ENST00000525799 | 2118 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | MT-TD-201 | ENST00000387419 | 68 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | MTND4P28-201 | ENST00000426217 | 387 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC236972.2-201 | ENST00000434979 | 310 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | PCNPP5-201 | ENST00000452246 | 481 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RPL23AP63-201 | ENST00000498752 | 471 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC074133.1-201 | ENST00000515696 | 183 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC144568.1-201 | ENST00000520139 | 137 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | LARP7P1-201 | ENST00000605576 | 316 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | XRCC4-202 | ENST00000338635 | 1579 nt | APPRIS P4 TSL 2 BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | SI-201 | ENST00000264382 | 6011 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.58-201 | ENST00000362807 | 102 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU4-73P-201 | ENST00000363164 | 141 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.154-201 | ENST00000363624 | 102 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA63D-201 | ENST00000364359 | 132 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNY3P1-201 | ENST00000365085 | 102 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNY3-201 | ENST00000365484 | 102 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | SUMO2P12-201 | ENST00000405924 | 140 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | CEP57L1P1-201 | ENST00000430943 | 1201 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC099799.1-201 | ENST00000439809 | 192 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC069257.2-201 | ENST00000441819 | 155 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-699P-201 | ENST00000517081 | 110 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP437-201 | ENST00000517249 | 129 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC022432.1-201 | ENST00000595739 | 310 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | CENPF-206 | ENST00000614578 | 528 nt | TSL 5 BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | XIRP2-201 | ENST00000295237 | 5246 nt | TSL 2 BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | ANKRD30BP1-201 | ENST00000451052 | 2186 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | TBL1XR1-208 | ENST00000430069 | 7948 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL356292.1-201 | ENST00000283110 | 373 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.187-201 | ENST00000363918 | 113 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNY3P11-201 | ENST00000364153 | 102 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.314-201 | ENST00000365114 | 102 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-439P-201 | ENST00000384188 | 106 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA67.4-201 | ENST00000384688 | 142 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP467-201 | ENST00000391274 | 118 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |