Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 CYSLTR1-201ENST00000373304 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 RTL4-201ENST00000340433 2613 ntAPPRIS P1 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 PARPBP-203ENST00000392911 1916 ntTSL 5 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC080128.1-201ENST00000474389 1917 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 ZNF204P-201ENST00000416749 2397 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.179-201ENST00000363844 90 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.286-201ENST00000364813 102 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNA5SP344-201ENST00000411081 104 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 PLCL2-AS1-201ENST00000414844 311 ntTSL 2 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC138623.1-201ENST00000418060 216 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 LINC01509-202ENST00000423523 408 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 AL445305.1-201ENST00000432577 575 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 SMG7-AS1-202ENST00000432837 466 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 AL139109.1-201ENST00000455491 297 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 AP001324.2-201ENST00000461163 319 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC137770.1-201ENST00000504620 530 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 SNORA25.14-201ENST00000516481 132 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 SCARNA24.2-201ENST00000516968 130 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC083973.1-205ENST00000518994 601 ntTSL 2 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC023442.3-201ENST00000532199 495 ntTSL 2 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR4643-201ENST00000577473 78 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR4435-1-201ENST00000582552 80 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR5092-201ENST00000583139 88 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR3616-201ENST00000584070 92 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR4506-201ENST00000584693 77 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 TEX41-243ENST00000614173 190 ntTSL 5 BASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 MTND5P35-201ENST00000557537 1720 ntBASIC2.56□□□□□ -2
HOXD9P28356 SEL1L2-201ENST00000284951 2224 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 MDM2-206ENST00000350057 1401 ntTSL 1 (best) BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU1-62P-201ENST00000362599 164 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU4-15P-201ENST00000362613 141 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.277-201ENST00000364754 102 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 DYNLT3P1-201ENST00000378574 347 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR218-1-201ENST00000384999 110 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 SNORA53-201ENST00000391141 249 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR208B-201ENST00000401172 77 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AL359511.1-201ENST00000402970 211 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 RN7SKP123-201ENST00000410732 291 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AL157709.1-201ENST00000412695 424 ntTSL 3 BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AL139156.1-201ENST00000412785 841 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC110995.1-201ENST00000444185 628 ntTSL 3 BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 EFCAB3-202ENST00000450662 1694 ntTSL 5 BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 RN7SL429P-201ENST00000479090 223 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 RN7SL489P-201ENST00000486185 223 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 RN7SL327P-201ENST00000488659 223 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU2-31P-201ENST00000516954 155 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC124657.1-201ENST00000527819 429 ntTSL 3 BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AP003128.1-201ENST00000531414 448 ntTSL 2 BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC079598.5-201ENST00000547460 117 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC007336.1-201ENST00000576365 3828 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC130289.1-201ENST00000577321 73 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC130469.1-201ENST00000597256 388 ntTSL 5 BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AL356280.1-201ENST00000603614 379 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 MZT1P2-201ENST00000604387 248 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 SNRPGP20-201ENST00000604477 205 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC098479.1-201ENST00000609225 154 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 PCGEM1.1-201ENST00000613431 131 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 AL359854.1-201ENST00000614203 1594 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 RN7SL853P-201ENST00000617250 223 ntBASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 CACNB4-238ENST00000636901 7706 ntTSL 5 BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 TAB3-205ENST00000378933 6671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 ANKAR-201ENST00000313581 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.55□□□□□ -2
HOXD9P28356 IL33-202ENST00000417746 2327 ntTSL 2 BASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 ARHGAP15-202ENST00000409869 2968 ntTSL 5 BASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC009975.1-201ENST00000634588 2698 ntTSL 5 BASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNA5SP289-201ENST00000362332 137 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU6-1210P-201ENST00000363775 107 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.269-201ENST00000364685 89 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU6-1175P-201ENST00000365200 107 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU6-793P-201ENST00000384233 104 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU6-378P-201ENST00000384324 107 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU4-70P-201ENST00000384579 139 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU6-21P-201ENST00000384710 107 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.569-201ENST00000384749 103 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR186-201ENST00000384988 86 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR320B2-201ENST00000408479 138 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU4-30P-201ENST00000410245 143 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNA5SP492-201ENST00000411330 114 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 KCNJ6-AS1-201ENST00000435001 357 ntTSL 5 BASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC023141.11-201ENST00000508864 202 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RPPH1-2P-201ENST00000516688 293 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU7-110P-201ENST00000516891 62 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 MIR3199-1-201ENST00000582434 88 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 AP001178.1-201ENST00000584679 268 ntTSL 3 BASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC005176.2-201ENST00000596933 147 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 AC022441.3-201ENST00000605737 136 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 AL590240.4-201ENST00000616908 390 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 hsa-mir-548d-1.1-201ENST00000636914 97 ntBASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 HMHB1-202ENST00000638299 126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.54□□□□□ -2
HOXD9P28356 CEP57L1-216ENST00000521522 2259 ntTSL 5 BASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.44-201ENST00000362676 108 ntBASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.54-201ENST00000362766 105 ntBASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.65-201ENST00000362846 100 ntBASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 Y_RNA.117-201ENST00000363294 101 ntBASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNA5SP456-201ENST00000364002 114 ntBASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 RNU1-57P-201ENST00000384491 166 ntBASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 TRAJ48-201ENST00000390489 63 ntAPPRIS P1 BASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 ELOCP21-201ENST00000412558 336 ntBASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 RPL23AP36-201ENST00000413895 458 ntBASIC2.53□□□□□ -2
HOXD9P28356 NCKAP5-IT1-201ENST00000416437 554 ntTSL 4 BASIC2.53□□□□□ -2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 102.2 ms