Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MIR6129-201ENST00000616087 109 ntBASIC4.02□□□□□ -1.77
USP4Q13107 BAZ2B-204ENST00000392783 8289 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.02□□□□□ -1.77
USP4Q13107 LLPH-201ENST00000266604 7746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.02□□□□□ -1.77
USP4Q13107 WNK3-202ENST00000375159 5403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 PIK3C2G-203ENST00000535651 2497 ntTSL 5 BASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AP001486.2-201ENST00000561652 5113 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 PHTF2-201ENST00000248550 4778 ntTSL 1 (best) BASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-235P-201ENST00000362644 107 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SNORD46.1-201ENST00000364139 104 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SNORA5A-201ENST00000384111 134 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNA5SP496-201ENST00000391240 109 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 HMGN2P8-201ENST00000391458 268 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 LINC02337-201ENST00000401043 374 ntTSL 3 BASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-57P-201ENST00000411348 103 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC116666.1-201ENST00000453915 551 ntTSL 5 BASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 HMGN2P7-201ENST00000456186 273 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-221P-201ENST00000459541 99 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 YWHAEP4-201ENST00000505390 198 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU1-95P-201ENST00000516357 160 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU1-128P-201ENST00000516704 160 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC007598.2-201ENST00000569490 539 ntTSL 3 BASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC103810.1-201ENST00000579873 453 ntBASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 LUZP4-201ENST00000371920 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 PCLO-206ENST00000437081 3786 ntTSL 1 (best) BASIC4.01□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ADGRL4-201ENST00000370742 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ASPN-202ENST00000375544 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ZBTB26-202ENST00000373656 4443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-975P-201ENST00000384296 105 ntBASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-476P-201ENST00000384726 107 ntBASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 MIR181A2-201ENST00000384863 110 ntBASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 MIR767-201ENST00000390228 109 ntBASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNY4P18-201ENST00000391107 89 ntBASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC092666.1-201ENST00000492054 573 ntTSL 4 BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SNORA31.1-201ENST00000515993 133 ntBASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SNORA31.5-201ENST00000516190 133 ntBASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC026894.1-202ENST00000533843 477 ntTSL 5 BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ABCC9-206ENST00000621589 450 ntTSL 5 BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 TFEC-201ENST00000265440 6628 ntTSL 1 (best) BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ADAM28-201ENST00000265769 7052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ERBB4-203ENST00000402597 11699 ntTSL 1 (best) BASIC4□□□□□ -1.77
USP4Q13107 LRRTM4-201ENST00000409088 3616 ntTSL 1 (best) BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 MIR208A-201ENST00000362287 71 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-674P-201ENST00000363831 107 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SNORA70.4-201ENST00000365509 134 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-1080P-201ENST00000383982 107 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SNORA11.1-201ENST00000408133 129 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNA5SP511-201ENST00000410487 115 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC010731.3-201ENST00000415029 566 ntTSL 4 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AL139247.1-201ENST00000422768 325 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC245047.4-201ENST00000433189 144 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AL136097.2-201ENST00000457003 333 ntTSL 2 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC025254.1-201ENST00000550035 247 ntTSL 5 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 Y_RNA.757-201ENST00000578934 114 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 MIR5047-201ENST00000579212 100 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ANKRD28-215ENST00000624145 6383 ntTSL 2 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 VGLL4-219ENST00000638314 93 ntTSL 5 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC009093.8-201ENST00000641769 292 ntBASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SYNE2-202ENST00000344113 21777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 MGA-201ENST00000219905 12042 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 BAZ2B-202ENST00000343439 2364 ntTSL 5 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 FIGNL1-202ENST00000395556 3485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 PARPBP-203ENST00000392911 1916 ntTSL 5 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 DNAJC10-201ENST00000264065 20129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SMC1B-201ENST00000357450 4201 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 PPP1R12A-204ENST00000546369 2977 ntTSL 2 BASIC3.99□□□□□ -1.77
USP4Q13107 PPIP5K2-201ENST00000321521 15407 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNFT1-201ENST00000305783 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNA5SP119-201ENST00000362715 117 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU1-105P-201ENST00000363470 161 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 LINC01545-201ENST00000377879 521 ntTSL 1 (best) BASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RN7SKP101-201ENST00000411376 320 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 LINC02559-201ENST00000420391 188 ntTSL 2 BASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AL353705.1-201ENST00000433468 480 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC008155.2-201ENST00000464337 397 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ATP5EP1-201ENST00000510257 156 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 FCF1P8-201ENST00000510322 597 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-197P-201ENST00000516680 100 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 Y_RNA.712-201ENST00000517011 92 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC109329.2-201ENST00000519658 482 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AL049861.1-201ENST00000603130 150 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 5S_rRNA.13-201ENST00000622298 123 ntBASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AL158835.3-201ENST00000625908 565 ntTSL 5 BASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 WHAMMP2-201ENST00000512149 5482 ntTSL 5 BASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 MIR181A1HG-203ENST00000436880 2308 ntTSL 1 (best) BASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 ERBIN-212ENST00000508515 4374 ntTSL 5 BASIC3.98□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SEMA3D-201ENST00000284136 6265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RMDN2-205ENST00000407257 2280 ntTSL 5 BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 DPY19L2P1-203ENST00000458672 3347 ntTSL 1 (best) BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SNORA63.1-201ENST00000362493 131 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-234P-201ENST00000365229 104 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNU6-1144P-201ENST00000384247 104 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 TRAJ16-201ENST00000390521 60 ntAPPRIS P1 BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RNA5SP354-201ENST00000391247 136 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AP000567.1-201ENST00000406413 156 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC005160.1-201ENST00000432405 381 ntTSL 3 BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 TRBV25OR9-2-201ENST00000438417 374 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC080013.2-201ENST00000460866 323 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC026726.1-201ENST00000512859 601 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 AC068992.1-202ENST00000519280 270 ntTSL 3 BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 MIR5187-201ENST00000583479 76 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
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