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| BRD3 | Q15059 | MIR5690-201 | ENST00000583739 | 73 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| BRD3 | Q15059 | LINC02104-202 | ENST00000604954 | 599 nt | TSL 3 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC068205.3-201 | ENST00000636385 | 468 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
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| BRD3 | Q15059 | MT-ND4L-201 | ENST00000361335 | 297 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AC016717.2-201 | ENST00000609089 | 5141 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | KIF20B-202 | ENST00000371728 | 6419 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
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| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.179-201 | ENST00000363844 | 90 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AC007098.1-201 | ENST00000420122 | 367 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
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| BRD3 | Q15059 | SNORD87-201 | ENST00000364849 | 89 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AL627230.6-201 | ENST00000611129 | 280 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RBMS2-209 | ENST00000639027 | 192 nt | TSL 5 BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | TTC6-201 | ENST00000267368 | 1681 nt | TSL 5 BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | ANKRD20A9P-201 | ENST00000457997 | 2978 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | ATP11C-202 | ENST00000361648 | 6010 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | MTND4P1-201 | ENST00000457501 | 1466 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-281P-201 | ENST00000384212 | 103 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-1009P-201 | ENST00000390996 | 107 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP213-201 | ENST00000391031 | 106 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP212-201 | ENST00000391223 | 107 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | NCOA7-AS1-201 | ENST00000429007 | 501 nt | TSL 3 BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC093019.1-201 | ENST00000443135 | 252 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RPL23AP6-201 | ENST00000446637 | 472 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.653-201 | ENST00000459091 | 95 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP57-201 | ENST00000459463 | 123 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC011406.1-201 | ENST00000512440 | 370 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-507P-201 | ENST00000516045 | 100 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-1041P-201 | ENST00000516254 | 102 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC093023.1-201 | ENST00000547375 | 507 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC090617.3-201 | ENST00000573670 | 475 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORD53-201 | ENST00000579969 | 78 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC104819.3-201 | ENST00000603264 | 540 nt | TSL 4 BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | MZT1P2-201 | ENST00000604387 | 248 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC245060.5-201 | ENST00000610778 | 3293 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | ST7-AS2-206 | ENST00000456577 | 1351 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-890P-201 | ENST00000384121 | 107 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
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| BRD3 | Q15059 | EIF1P2-201 | ENST00000428233 | 350 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |