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| SEMA3A | Q14563 | RNU1-104P-201 | ENST00000517280 | 175 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC034114.1-201 | ENST00000520293 | 285 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC115990.1-201 | ENST00000526957 | 301 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC023442.3-201 | ENST00000532199 | 495 nt | TSL 2 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | HSPE1P4-201 | ENST00000550617 | 308 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC023824.2-201 | ENST00000566185 | 400 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AL390123.1-201 | ENST00000603216 | 237 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | B3GNTL1P2-201 | ENST00000603673 | 288 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC093732.2-201 | ENST00000607950 | 274 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | HMHB1-202 | ENST00000638299 | 126 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
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| SEMA3A | Q14563 | SYTL2-230 | ENST00000634661 | 6672 nt | TSL 5 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
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| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.84-201 | ENST00000363011 | 104 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
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| SEMA3A | Q14563 | SNORA20.1-201 | ENST00000364790 | 130 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
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| SEMA3A | Q14563 | AC136932.1-201 | ENST00000574771 | 208 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | MIR4765-201 | ENST00000585007 | 77 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC135178.3-204 | ENST00000585181 | 451 nt | TSL 2 BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | ZNF861P-201 | ENST00000588126 | 639 nt | BASIC | 2.76 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AL359854.1-201 | ENST00000614203 | 1594 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | MIR26A1-201 | ENST00000362205 | 77 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNU6-212P-201 | ENST00000362642 | 104 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
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| SEMA3A | Q14563 | RNU6-611P-201 | ENST00000384276 | 104 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.504-201 | ENST00000384481 | 104 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNU6-1203P-201 | ENST00000410703 | 110 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC007064.1-201 | ENST00000412238 | 351 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AL590135.1-201 | ENST00000422215 | 156 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC078809.1-201 | ENST00000427601 | 140 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Z98742.2-201 | ENST00000431564 | 187 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AL442638.1-201 | ENST00000443359 | 237 nt | TSL 5 BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
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| SEMA3A | Q14563 | SNORA9.3-201 | ENST00000516383 | 129 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC144568.1-201 | ENST00000520139 | 137 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC141273.1-201 | ENST00000565300 | 479 nt | TSL 5 BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC023043.3-201 | ENST00000593113 | 385 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC010297.1-201 | ENST00000623948 | 149 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AL109809.4-201 | ENST00000603520 | 2185 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | OR51A7-202 | ENST00000641490 | 2186 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | OFD1P6Y-202 | ENST00000451061 | 2724 nt | BASIC | 2.75 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | PARPBP-203 | ENST00000392911 | 1916 nt | TSL 5 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | MCF2-208 | ENST00000519895 | 3346 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | ARHGAP11A-207 | ENST00000565905 | 3318 nt | TSL 2 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.16-201 | ENST00000362421 | 102 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNU6-1010P-201 | ENST00000362757 | 107 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | SNORD27-201 | ENST00000363981 | 72 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.237-201 | ENST00000364439 | 102 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.358-201 | ENST00000365491 | 99 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNU6-338P-201 | ENST00000383888 | 105 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNU6-968P-201 | ENST00000384076 | 107 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | MAGEA8-AS1-201 | ENST00000427671 | 476 nt | TSL 3 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | MTND5P15-201 | ENST00000434246 | 349 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC112220.1-201 | ENST00000434628 | 355 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Z82188.1-201 | ENST00000436709 | 154 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC244670.1-201 | ENST00000436879 | 112 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC020594.1-201 | ENST00000437680 | 338 nt | TSL 3 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | GPM6BP3-201 | ENST00000442797 | 145 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AL031659.1-201 | ENST00000447075 | 539 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | IFT74-AS1-201 | ENST00000456198 | 405 nt | TSL 2 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNU7-26P-201 | ENST00000458980 | 63 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC090525.1-201 | ENST00000479116 | 478 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNA5SP112-201 | ENST00000515937 | 99 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNA5SP367-201 | ENST00000516557 | 118 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC084816.1-207 | ENST00000538317 | 584 nt | TSL 4 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | NKAIN2-205 | ENST00000546092 | 148 nt | TSL 5 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | MIR3605-201 | ENST00000583214 | 100 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AL049779.4-201 | ENST00000604500 | 156 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | U6.92-201 | ENST00000636464 | 89 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC233981.2-201 | ENST00000611524 | 1614 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | DYNC2H1-202 | ENST00000375735 | 13678 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | IL33-202 | ENST00000417746 | 2327 nt | TSL 2 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | EFCAB3-202 | ENST00000450662 | 1694 nt | TSL 5 BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | AC092268.1-201 | ENST00000342691 | 405 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.183-201 | ENST00000363882 | 113 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | SNORA38-201 | ENST00000363946 | 132 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | RNU4-56P-201 | ENST00000364700 | 142 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | SNORA67.1-201 | ENST00000364749 | 141 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | U3.13-201 | ENST00000364804 | 214 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.405-201 | ENST00000383979 | 100 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.451-201 | ENST00000384200 | 100 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.462-201 | ENST00000384268 | 102 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.524-201 | ENST00000384564 | 100 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | Y_RNA.561-201 | ENST00000384694 | 100 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| SEMA3A | Q14563 | SNORA12.2-201 | ENST00000391040 | 156 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |