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| RUNX3 | Q13761 | RPS29P13-201 | ENST00000402041 | 169 nt | BASIC | 2.02 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-325P-201 | ENST00000411132 | 105 nt | BASIC | 2.02 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL513008.1-201 | ENST00000412701 | 161 nt | TSL 5 BASIC | 2.02 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MAMDC2-AS1-203 | ENST00000420573 | 339 nt | TSL 3 BASIC | 2.02 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC026355.1-201 | ENST00000423466 | 587 nt | TSL 5 BASIC | 2.02 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MICF-203 | ENST00000432679 | 129 nt | BASIC | 2.02 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007969.2-201 | ENST00000441891 | 191 nt | BASIC | 2.02 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC010329.5-201 | ENST00000623497 | 2174 nt | BASIC | 2.02 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RGPD1-204 | ENST00000559485 | 5247 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SMARCAD1-201 | ENST00000354268 | 4912 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MT-ND1-201 | ENST00000361390 | 956 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD56.1-201 | ENST00000362913 | 68 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1059P-201 | ENST00000363752 | 98 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-461P-201 | ENST00000364195 | 107 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1317P-201 | ENST00000364582 | 104 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-214P-201 | ENST00000384130 | 107 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | LINC01256-201 | ENST00000513270 | 508 nt | TSL 2 BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC127894.1-201 | ENST00000548266 | 851 nt | TSL 3 BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005668.1-201 | ENST00000571142 | 476 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090897.2-201 | ENST00000581715 | 130 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TP73-AS1.1-201 | ENST00000611447 | 161 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104985.2-201 | ENST00000620598 | 500 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCN7A-206 | ENST00000619410 | 7186 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCN7A-207 | ENST00000621965 | 7186 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL359854.1-201 | ENST00000614203 | 1594 nt | BASIC | 2.01 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIER3-202 | ENST00000381199 | 5188 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND4P23-201 | ENST00000447723 | 1363 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.140-201 | ENST00000363474 | 103 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1013P-201 | ENST00000384180 | 107 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1304P-201 | ENST00000411374 | 106 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KCNJ6-AS1-201 | ENST00000435001 | 357 nt | TSL 5 BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL136369.1-201 | ENST00000437825 | 244 nt | TSL 5 BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC243964.1-201 | ENST00000441814 | 261 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL354824.2-201 | ENST00000458004 | 446 nt | TSL 3 BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS29P27-201 | ENST00000463711 | 170 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02276-201 | ENST00000508388 | 138 nt | TSL 3 BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091874.1-201 | ENST00000511402 | 339 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC103957.1-201 | ENST00000517681 | 503 nt | TSL 3 BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TMCO5B-203 | ENST00000529623 | 509 nt | TSL 4 BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC079598.5-201 | ENST00000547460 | 117 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC121758.2-201 | ENST00000553271 | 193 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MIR4765-201 | ENST00000585007 | 77 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL022345.1-201 | ENST00000607292 | 135 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL359697.1-201 | ENST00000624879 | 587 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR1302-1-201 | ENST00000637932 | 143 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ERBIN-202 | ENST00000380935 | 6692 nt | TSL 5 BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND5P30-201 | ENST00000452896 | 1731 nt | BASIC | 2 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC080128.1-201 | ENST00000474389 | 1917 nt | BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AGR3-201 | ENST00000310398 | 749 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4-73P-201 | ENST00000363164 | 141 nt | BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.509-201 | ENST00000384506 | 99 nt | BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP390-201 | ENST00000410191 | 113 nt | BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-293P-201 | ENST00000411259 | 106 nt | BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL031659.1-201 | ENST00000447075 | 539 nt | BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC018437.1-201 | ENST00000492214 | 406 nt | BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL23AP63-201 | ENST00000498752 | 471 nt | BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02491-201 | ENST00000504710 | 403 nt | TSL 2 BASIC | 1.99 | □□□□□ -2.09 | | |