Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC012435.2-201ENST00000562869 361 ntTSL 3 BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC106785.1-201ENST00000565935 262 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MIR4744-201ENST00000581563 82 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC090616.3-201ENST00000582184 217 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC069294.1-201ENST00000608397 350 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MIR6867-201ENST00000610636 67 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AL078604.3-201ENST00000615580 211 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AL138721.1-201ENST00000616756 179 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MIR4727-201ENST00000622232 55 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AL160287.1-202ENST00000638113 454 ntTSL 5 BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 IL33-201ENST00000381434 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 EFHC1-205ENST00000538167 5308 ntTSL 5 BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 DTHD1-202ENST00000456874 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 OSBPL6-201ENST00000190611 10513 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 XRN1-202ENST00000392981 5383 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 IPO11-202ENST00000409296 3564 ntTSL 2 BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 FAM169A-203ENST00000510496 5810 ntTSL 5 BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 DENND2C-203ENST00000393277 4730 ntTSL 5 BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 TECRL-202ENST00000507440 2876 ntTSL 5 BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MIR372-201ENST00000362225 67 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SNORD87-201ENST00000364849 89 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 Y_RNA.293-201ENST00000364908 93 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNU6-578P-201ENST00000390980 103 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC008267.6-201ENST00000441664 139 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 snoU13.28-201ENST00000459235 104 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNA5SP73-201ENST00000516744 108 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AP003465.1-201ENST00000520575 382 ntTSL 2 BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 DEFB131C-201ENST00000528817 165 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MIR4431-201ENST00000579990 94 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MIR3609-201ENST00000582661 80 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 PCGEM1.1-201ENST00000613431 131 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC013791.1-201ENST00000616619 62 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 CDH10-201ENST00000264463 3438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SERPINI2-207ENST00000476257 1837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AKAP11-201ENST00000025301 9920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 PREPL-206ENST00000409936 5212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 ST7-221ENST00000465133 2155 ntTSL 5 BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC010329.5-201ENST00000623497 2174 ntBASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SEC31A-203ENST00000348405 4012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.43□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC111000.4-202ENST00000505646 2648 ntTSL 2 BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 OTUD4P1-201ENST00000237841 3067 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 NEGR1-201ENST00000306821 5577 ntTSL 1 (best) BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MT-ATP8-201ENST00000361851 207 ntAPPRIS P1 BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 U1.1-201ENST00000384101 164 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNU6-19P-201ENST00000384718 107 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SNORA40-201ENST00000388090 126 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AL672296.1-201ENST00000427780 2158 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC027124.2-201ENST00000428249 105 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AL135790.2-201ENST00000437701 267 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC005154.1-208ENST00000440438 353 ntTSL 5 BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RN7SKP164-201ENST00000516138 266 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MIR2114-201ENST00000516645 80 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 IGKV2D-19-201ENST00000523346 262 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC022616.8-201ENST00000533569 253 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC011524.1-201ENST00000590167 240 ntTSL 3 BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC091152.3-201ENST00000604227 325 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC244196.2-201ENST00000621184 411 ntAPPRIS P1 BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC034229.5-201ENST00000624258 185 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 GPR180-201ENST00000376958 8822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 IQCH-206ENST00000546225 3112 ntTSL 5 BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC134026.1-201ENST00000623249 2239 ntBASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AMY2A-201ENST00000414303 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.42□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC015813.1-202ENST00000577267 4056 ntTSL 2 BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 ZNF638-203ENST00000409544 6821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AF127577.6-201ENST00000623352 2191 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 CEP295-201ENST00000325212 8057 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 ANKAR-201ENST00000313581 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 POLR2B-201ENST00000314595 3748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SCEL-202ENST00000377246 3081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 snoU2_19.4-201ENST00000364329 80 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 Y_RNA.261-201ENST00000364631 102 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SNORD20-201ENST00000384550 80 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SNORA1.3-201ENST00000384676 136 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MIR626-201ENST00000385032 94 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SNORA48.7-201ENST00000391302 135 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AL031003.1-201ENST00000404229 172 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC004866.1-201ENST00000411748 78 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC023141.4-201ENST00000412031 328 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 PTGES3P4-201ENST00000426243 356 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC004386.2-201ENST00000441858 148 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 DIP2A-IT1-201ENST00000442434 428 ntTSL 2 BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 LINC02198-202ENST00000505371 526 ntTSL 5 BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC024022.1-202ENST00000508911 394 ntTSL 2 BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 IGKV3OR22-2-201ENST00000517943 313 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC020914.4-201ENST00000597690 277 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 ADGRG4-201ENST00000370652 9820 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 PLAG1-201ENST00000316981 7322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 OR51A7-202ENST00000641490 2186 ntAPPRIS P1 BASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC068700.1-201ENST00000565862 3754 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 FAM35DP-201ENST00000323387 2712 ntBASIC4.41□□□□□ -1.7
USP4Q13107 TMEM67-202ENST00000409623 3255 ntTSL 2 BASIC4.4□□□□□ -1.7
USP4Q13107 PRKAA2-202ENST00000610361 9280 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.4□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AP5M1-201ENST00000261558 11737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.4□□□□□ -1.7
USP4Q13107 CNGA1-201ENST00000358519 2627 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.4□□□□□ -1.7
USP4Q13107 LINC00890-202ENST00000569275 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.4□□□□□ -1.7
USP4Q13107 CATSPERB-201ENST00000256343 3623 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 USP26-201ENST00000370832 3642 ntAPPRIS P1 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 Y_RNA.40-201ENST00000362645 93 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU6-1048P-201ENST00000364054 107 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNA5SP130-201ENST00000364431 114 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.3 ms