Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RNU6-801P-201ENST00000364087 105 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU6-454P-201ENST00000364292 107 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MIR569-201ENST00000385228 96 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MIR1183-201ENST00000408856 89 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL590399.1-203ENST00000412631 256 ntTSL 5 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL157831.1-201ENST00000426134 473 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC025445.1-201ENST00000502728 300 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LINC02374-202ENST00000515222 578 ntTSL 4 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNA5SP519-201ENST00000516480 119 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC100767.1-201ENST00000528178 123 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AP004242.1-201ENST00000533701 349 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 IGHV4OR15-8-201ENST00000557788 353 ntAPPRIS P1 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 HMGN2P15-201ENST00000585707 270 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL110115.1-201ENST00000614396 364 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC135068.2-201ENST00000622410 353 ntAPPRIS P1 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC007546.2-201ENST00000623996 360 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 P2RY13-201ENST00000325602 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SEMG2-201ENST00000372769 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 FKTN-201ENST00000223528 7364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 PATJ-202ENST00000316485 3657 ntTSL 5 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 PIGW-206ENST00000620233 2264 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 C5orf63-205ENST00000535381 5680 ntTSL 3 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ABCA8-215ENST00000615593 3264 ntTSL 5 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RRAS2-211ENST00000537760 2034 ntTSL 2 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LINC02432-202ENST00000509161 2839 ntTSL 2 BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 UBE2D3-233ENST00000618836 3472 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 BCHE-201ENST00000264381 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 OXR1-207ENST00000497705 2007 ntTSL 2 BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU1-14P-201ENST00000362759 152 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU6-275P-201ENST00000364910 107 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 IGKV3D-7-201ENST00000443397 384 ntAPPRIS P1 BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL138900.1-201ENST00000449345 399 ntTSL 3 BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNA5SP310-201ENST00000459084 116 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RPS26P28-201ENST00000470806 348 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC021269.2-201ENST00000532318 330 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 HIGD1AP1-201ENST00000550979 275 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 TVP23BP1-201ENST00000557500 617 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC092326.1-201ENST00000567465 674 ntTSL 3 BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RPL23AP97-201ENST00000568955 471 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MIR548X2-201ENST00000579776 100 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC011471.1-201ENST00000585766 187 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC018692.3-201ENST00000623929 123 ntBASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 PHF20L1-210ENST00000395390 5900 ntTSL 5 BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ADGRG2-201ENST00000340581 3594 ntTSL 2 BASIC4.47□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CEP57L1-223ENST00000523787 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.46□□□□□ -1.69
USP4Q13107 TLR8-202ENST00000311912 3367 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC4.46□□□□□ -1.7
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USP4Q13107 ACEA_U3.1-201ENST00000363057 217 ntBASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNU6-529P-201ENST00000363383 104 ntBASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNA5SP175-201ENST00000364275 119 ntBASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNU6-1264P-201ENST00000383891 107 ntBASIC4.46□□□□□ -1.7
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USP4Q13107 AC136628.3-201ENST00000521868 290 ntBASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RN7SL600P-201ENST00000581811 299 ntBASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AL160290.3-201ENST00000604869 165 ntBASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC068544.1-201ENST00000635064 248 ntTSL 5 BASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 OR1C1-202ENST00000641256 3719 ntAPPRIS P1 BASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 MS4A14-208ENST00000531783 2910 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC024940.1-203ENST00000398963 4423 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.46□□□□□ -1.7
USP4Q13107 LINC01902-202ENST00000636983 4607 ntTSL 5 BASIC4.45□□□□□ -1.7
USP4Q13107 FANCI-202ENST00000310775 4743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.45□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNF111-206ENST00000559209 5278 ntTSL 1 (best) BASIC4.45□□□□□ -1.7
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USP4Q13107 RNU6-381P-201ENST00000391259 108 ntBASIC4.45□□□□□ -1.7
USP4Q13107 FBXO11-201ENST00000402508 3844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.45□□□□□ -1.7
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USP4Q13107 AP003097.2-201ENST00000530126 178 ntTSL 3 BASIC4.45□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AL034555.1-201ENST00000604816 211 ntBASIC4.45□□□□□ -1.7
USP4Q13107 LINC01002-227ENST00000633363 541 ntTSL 1 (best) BASIC4.45□□□□□ -1.7
USP4Q13107 NLGN1-201ENST00000361589 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.45□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RAPGEF6-201ENST00000296859 5618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.45□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC010332.2-201ENST00000613083 1904 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 TMPRSS11A-202ENST00000508048 3247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AGTR1-202ENST00000402260 2172 ntTSL 5 BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 LINC02471-203ENST00000641941 4752 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 EPC1-203ENST00000375110 3909 ntTSL 1 (best) BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RXFP1-201ENST00000307765 3842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNU4-10P-201ENST00000364383 140 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNA5SP22-201ENST00000365393 109 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 SNORA26.5-201ENST00000391215 123 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RN7SKP177-201ENST00000410567 355 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNU6-628P-201ENST00000410675 107 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 Y_RNA.629-201ENST00000411368 105 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 NDUFS5P3-201ENST00000450668 321 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RPS4XP13-201ENST00000483219 789 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC017015.2-201ENST00000497946 376 ntTSL 2 BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC012055.2-201ENST00000504167 335 ntTSL 3 BASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 PPBPP1-201ENST00000510807 373 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 AC099522.1-202ENST00000514718 367 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
USP4Q13107 RNU7-121P-201ENST00000516604 62 ntBASIC4.44□□□□□ -1.7
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