Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RNU6-379P-201ENST00000363813 104 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AIF1-202ENST00000376049 524 ntTSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-19P-201ENST00000384718 107 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 HLFP1-201ENST00000402375 499 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-121P-201ENST00000410525 99 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-847P-201ENST00000411115 108 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 EIF1P2-201ENST00000428233 350 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 GPC6-AS2-201ENST00000445540 587 ntTSL 5 BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 CEACAMP4-201ENST00000457676 421 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SNORD127-201ENST00000458892 86 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RPL30P12-201ENST00000474666 353 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 LINC02233-201ENST00000513718 358 ntTSL 3 BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-1114P-201ENST00000516022 107 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-1012P-201ENST00000516606 109 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AP000873.2-206ENST00000529811 429 ntTSL 2 BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC027288.2-201ENST00000553028 243 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC021231.3-201ENST00000558497 370 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC016597.1-201ENST00000564893 528 ntTSL 4 BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC005000.2-201ENST00000605468 310 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 LRMP-221ENST00000636465 4540 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 NDST4-201ENST00000264363 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 TRIM36-201ENST00000282369 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 MGA-201ENST00000219905 12042 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 PKN2-AS1-202ENST00000458097 3542 ntTSL 2 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 CHM-205ENST00000615443 2821 ntTSL 1 (best) BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 DST-201ENST00000244364 16742 ntTSL 1 (best) BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNA5SP295-201ENST00000362655 121 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-137P-201ENST00000363680 108 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 Y_RNA.439-201ENST00000384119 94 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SNORA36A-201ENST00000384221 132 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU2-49P-201ENST00000410666 184 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 CXorf51B-201ENST00000438525 436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC133865.1-201ENST00000438619 339 ntTSL 3 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-1132P-201ENST00000459214 107 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC107626.1-201ENST00000471084 183 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SNORA31.1-201ENST00000515993 133 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SNORA31.5-201ENST00000516190 133 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC022868.1-201ENST00000517767 391 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC087341.1-201ENST00000521490 491 ntTSL 2 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC008056.1-201ENST00000553322 394 ntTSL 3 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SNORA62.6-201ENST00000606322 83 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-91P-201ENST00000607774 107 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC096772.1-201ENST00000609146 564 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AL359198.2-201ENST00000611836 194 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 CCNYL2-203ENST00000638057 730 ntTSL 3 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 DLD-214ENST00000639772 421 ntTSL 5 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SYNE2-202ENST00000344113 21777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 BIRC3-201ENST00000263464 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RXFP1-205ENST00000448688 3861 ntTSL 1 (best) BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC002543.1-201ENST00000299783 1954 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 ESCO1-201ENST00000269214 4523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC010615.1-201ENST00000594254 1764 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 MYSM1-203ENST00000472487 7785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 HEATR5B-201ENST00000233099 6905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 FOXP2-224ENST00000635534 4290 ntTSL 5 BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 DOCK7-204ENST00000454575 6985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 Y_RNA.447-201ENST00000384184 113 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 Y_RNA.489-201ENST00000384410 101 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 TRAV34-201ENST00000390461 349 ntAPPRIS P1 BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SNORD78.2-201ENST00000391076 69 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
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USP53Q70EK8 GPC5-AS1-201ENST00000419288 393 ntTSL 3 BASIC3.61□□□□□ -1.83
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USP53Q70EK8 AL132819.1-201ENST00000555595 208 ntTSL 3 BASIC3.61□□□□□ -1.83
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USP53Q70EK8 AC240442.1-201ENST00000616055 283 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
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USP53Q70EK8 SCARNA4.1-201ENST00000628597 123 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 Clostridiales-1.2-201ENST00000636724 160 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 KIF21A-203ENST00000541463 4866 ntTSL 1 (best) BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 KCNT2-202ENST00000367433 5883 ntTSL 1 (best) BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 ADGRL2-210ENST00000370728 6302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC010889.1-201ENST00000566193 2666 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 FBXL13-204ENST00000436908 2577 ntTSL 5 BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RTN4-209ENST00000405240 4061 ntTSL 1 (best) BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC242426.3-202ENST00000607149 2397 ntTSL 5 BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 ADAT2-203ENST00000606514 6651 ntTSL 1 (best) BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNA5SP50-201ENST00000363731 107 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SNORD115-8-201ENST00000363856 82 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 SNORD115-38-201ENST00000365037 82 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 Y_RNA.319-201ENST00000365138 92 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 Y_RNA.350-201ENST00000365409 98 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNU6-750P-201ENST00000390946 107 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 UBA52P6-201ENST00000399822 382 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC068295.1-201ENST00000413056 153 ntTSL 3 BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RPS26P42-201ENST00000413485 326 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 CYCSP48-201ENST00000417124 323 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC096638.1-201ENST00000444678 216 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AL136164.1-201ENST00000456795 352 ntTSL 3 BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AL136097.1-201ENST00000456945 913 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RPL23AP62-201ENST00000463396 453 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RPL7P47-201ENST00000497299 556 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC069360.1-201ENST00000503469 431 ntTSL 2 BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 RNA5SP208-201ENST00000516156 78 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP53Q70EK8 AC115990.1-201ENST00000526957 301 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
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