Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC005300.1-201ENST00000428401 373 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ATP5J2-209ENST00000488775 306 ntTSL 2 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SAR1B-211ENST00000509937 455 ntTSL 5 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC034223.1-201ENST00000511054 599 ntTSL 3 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SNORA31.9-201ENST00000516429 84 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC009127.3-201ENST00000570531 403 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC006380.1-201ENST00000603598 186 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AL365222.1-201ENST00000614661 98 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR7154-201ENST00000620673 73 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SNORD98-201ENST00000636377 67 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC096751.1-201ENST00000515178 2202 ntTSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 KCNJ6-201ENST00000609713 19645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC106871.1-201ENST00000568324 3102 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 PTPN13-202ENST00000411767 8119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 GPRC6A-201ENST00000310357 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 COPG2-201ENST00000330992 3073 ntTSL 1 (best) BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ZCCHC10-201ENST00000324170 2178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 NCK1-204ENST00000469404 2403 ntTSL 2 BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU1-62P-201ENST00000362599 164 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 Y_RNA.121-201ENST00000363309 113 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-324P-201ENST00000363957 106 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-151P-201ENST00000364158 107 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU1-63P-201ENST00000383902 164 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SNORA18.3-201ENST00000384122 132 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-1168P-201ENST00000390831 104 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR320B2-201ENST00000408479 138 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC096649.2-201ENST00000416186 393 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 YPEL5P1-201ENST00000419731 367 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RPS20P10-201ENST00000451209 253 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC092162.2-204ENST00000451851 566 ntTSL 4 BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 U8.19-201ENST00000459095 133 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC005840.1-201ENST00000498412 377 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC146944.2-203ENST00000502493 354 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TMEM132D-AS1-202ENST00000510001 293 ntTSL 1 (best) BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC139495.1-202ENST00000513164 354 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP272-201ENST00000516095 111 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC115990.1-201ENST00000526957 301 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR3690-201ENST00000580266 75 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AL356575.1-201ENST00000603008 283 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC025946.2-201ENST00000603398 234 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AL162713.1-201ENST00000604480 262 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR3199-2-201ENST00000636243 86 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR492-201ENST00000638676 116 ntBASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SLC17A4-201ENST00000377905 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 C6orf10-209ENST00000612031 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SCN1A-210ENST00000635776 10107 ntTSL 5 BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TPRG1-201ENST00000345063 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TJP1-204ENST00000400011 6764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.54□□□□□ -1.68
USP4Q13107 WDR72-204ENST00000559418 3602 ntTSL 5 BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MTUS1-216ENST00000519263 4089 ntTSL 2 BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 NFIB-210ENST00000543693 7622 ntTSL 1 (best) BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 OR5H14-202ENST00000641380 7323 ntAPPRIS P1 BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TM4SF18-201ENST00000296059 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AKAP6-201ENST00000280979 15006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-487P-201ENST00000365430 104 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU1-13P-201ENST00000384499 162 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR513A2-201ENST00000385249 127 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-763P-201ENST00000390865 106 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP317-201ENST00000410176 116 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RN7SKP27-201ENST00000410684 333 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP311-201ENST00000411290 116 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ITCH-IT1-201ENST00000418598 208 ntTSL 3 BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TAB3-AS2-201ENST00000445240 292 ntTSL 5 BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC108022.1-201ENST00000493466 478 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
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USP4Q13107 PARP4P3-201ENST00000510265 317 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC026402.1-201ENST00000513642 170 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-436P-201ENST00000516171 114 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP315-201ENST00000516340 116 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-426P-201ENST00000516464 97 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-107P-201ENST00000516643 102 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP312-201ENST00000517068 116 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC069240.1-201ENST00000548774 375 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR3684-201ENST00000579779 74 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC004147.1-201ENST00000580658 299 ntTSL 3 BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SNRPGP20-201ENST00000604477 205 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 CHD9-221ENST00000615216 10603 ntTSL 5 BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AL589745.1-201ENST00000421190 3336 ntTSL 5 BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC100821.1-201ENST00000523153 2479 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AGTR2-201ENST00000371906 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC002543.1-201ENST00000299783 1954 ntBASIC4.53□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MACF1-231ENST00000564288 24828 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC010186.3-201ENST00000537616 2508 ntTSL 1 (best) BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CYLC2-202ENST00000487798 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ADGRL3-216ENST00000514157 4789 ntTSL 5 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ZNF705A-201ENST00000359286 3455 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SNORD74.4-201ENST00000364129 80 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU1-64P-201ENST00000365443 163 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNA5SP167-201ENST00000365461 116 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 U3.40-201ENST00000408706 208 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LINC00375-201ENST00000433074 601 ntTSL 5 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC002465.1-201ENST00000436097 349 ntTSL 2 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LINC01198-202ENST00000458282 558 ntTSL 5 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC103975.1-201ENST00000482506 483 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 Y_RNA.797-201ENST00000515977 94 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 IGLV3-26-201ENST00000520756 302 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AP001318.2-201ENST00000533378 492 ntTSL 3 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 VN1R85P-201ENST00000601587 426 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 C2orf91-203ENST00000615044 393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.52□□□□□ -1.69
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