Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CEP152-203ENST00000399334 5097 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 PLCB1-233ENST00000637919 5074 ntTSL 5 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 TOPORSLP1-203ENST00000493279 2871 ntTSL 4 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 NRIP1-201ENST00000318948 7556 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 OR6A2-202ENST00000641196 4295 ntAPPRIS P1 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-1272P-201ENST00000362776 107 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP366-201ENST00000365454 123 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SNORA70C-201ENST00000384538 135 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Y_RNA.568-201ENST00000384742 113 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR93-201ENST00000385024 80 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-1154P-201ENST00000391001 104 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR921-201ENST00000401133 56 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SMG7-AS1-202ENST00000432837 466 ntTSL 3 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC007179.2-207ENST00000435557 556 ntTSL 4 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 LINC01162-201ENST00000447262 447 ntTSL 5 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RPL26P9-201ENST00000457466 433 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC007215.1-201ENST00000464893 276 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 UQCRHP4-201ENST00000471686 272 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC091179.3-201ENST00000474761 144 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC090525.1-201ENST00000479116 478 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC126121.2-201ENST00000486137 698 ntTSL 3 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC103879.1-201ENST00000503093 255 ntTSL 2 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC068658.1-201ENST00000507509 388 ntTSL 2 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AL159163.1-201ENST00000507747 600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP154-201ENST00000516193 111 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-479P-201ENST00000516348 105 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CYCSP29-201ENST00000533731 318 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 IPO5P1-202ENST00000600039 287 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 FTO-223ENST00000640179 210 ntTSL 5 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AP1G1-207ENST00000564155 2723 ntTSL 1 (best) BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ZNF705E-201ENST00000525199 3442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ADAM3A-203ENST00000461344 2157 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CDH9-201ENST00000231021 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 DEUP1-201ENST00000298050 2664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 BCAP29-203ENST00000379119 5773 ntTSL 3 BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ARID2-205ENST00000444670 7316 ntTSL 1 (best) BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 PRKACB-208ENST00000394839 4200 ntTSL 2 BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 GLIPR1-201ENST00000266659 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 FGD4-213ENST00000546442 3503 ntTSL 5 BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SHOC2-201ENST00000265277 3691 ntTSL 2 BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-799P-201ENST00000363567 107 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-727P-201ENST00000363592 107 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Y_RNA.357-201ENST00000365487 109 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU2-54P-201ENST00000410299 190 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP475-201ENST00000410568 110 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MAGEA8-AS1-201ENST00000427671 476 ntTSL 3 BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AL162725.1-201ENST00000435405 301 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC004917.1-201ENST00000490856 575 ntTSL 4 BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-313P-201ENST00000516317 112 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP468-201ENST00000516782 93 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC092636.1-201ENST00000608609 415 ntTSL 2 BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 uc_338.13-201ENST00000618243 179 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR3653-201ENST00000625572 110 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC140479.6-201ENST00000633535 357 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 TLR3-201ENST00000296795 6015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC027290.2-201ENST00000623210 18662 ntBASIC4.6□□□□□ -1.67
USP4Q13107 C1orf112-203ENST00000413811 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 PLCB4-203ENST00000378493 5796 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 NEDD4-201ENST00000338963 7019 ntTSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 TENM1-201ENST00000371130 12875 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 UNC13C-201ENST00000260323 12946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Y_RNA.81-201ENST00000362997 102 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Y_RNA.182-201ENST00000363880 111 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MAP3K21-201ENST00000366622 4005 ntTSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ELAVL4-206ENST00000371827 3775 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 C18orf54-202ENST00000382911 4056 ntTSL 5 BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-1248P-201ENST00000391096 64 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-735P-201ENST00000410612 107 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RN7SKP53-201ENST00000411337 315 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC009963.1-201ENST00000417265 157 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC097662.1-205ENST00000433324 241 ntTSL 5 BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SEPT7P4-201ENST00000437076 306 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ANKRD30BP1-201ENST00000451052 2186 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC012671.1-201ENST00000451912 203 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC006517.1-201ENST00000480485 328 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC117394.2-201ENST00000487827 323 ntTSL 3 BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC091167.1-201ENST00000492017 396 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC012312.1-201ENST00000503710 527 ntTSL 2 BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC105389.2-201ENST00000506475 435 ntTSL 3 BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU4ATAC15P-201ENST00000516415 126 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC016885.2-201ENST00000522598 261 ntTSL 3 BASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AP003730.1-201ENST00000524605 285 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC090897.2-201ENST00000581715 130 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR3674-201ENST00000636576 68 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 hsa-mir-548d-1.1-201ENST00000636914 97 ntBASIC4.59□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ADGRL2-203ENST00000370713 5382 ntTSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.68
USP4Q13107 KYNU-201ENST00000264170 15316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.68
USP4Q13107 LYST-201ENST00000389793 13480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.59□□□□□ -1.68
USP4Q13107 CEP192-201ENST00000325971 7764 ntTSL 5 BASIC4.59□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ZNF510-201ENST00000223428 5154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SLC10A2-201ENST00000245312 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 PTPN22-201ENST00000359785 3654 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ARHGEF38-202ENST00000420470 5454 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 USP8P1-201ENST00000494673 3183 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ABI3BP-201ENST00000284322 4498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AL391684.1-201ENST00000416191 2998 ntTSL 5 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 CSRNP3-201ENST00000314499 11788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC010733.2-201ENST00000589496 5702 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 Y_RNA.215-201ENST00000364204 112 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 Y_RNA.412-201ENST00000384001 104 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
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