Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RPL39P29-201ENST00000447779 157 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RN7SL98P-201ENST00000462271 300 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPL30P12-201ENST00000474666 353 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC008869.1-201ENST00000510938 442 ntTSL 2 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Vault.1-201ENST00000516474 102 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 CYCSP23-201ENST00000519781 313 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC023442.3-201ENST00000532199 495 ntTSL 2 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC009163.5-201ENST00000575421 637 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MIR3138-201ENST00000585238 82 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC107031.1-201ENST00000604939 347 ntTSL 2 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MTND1P7-201ENST00000632801 297 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ATP2C1-212ENST00000507488 3579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 OFD1P6Y-202ENST00000451061 2724 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 STAG2-204ENST00000371157 5991 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ANK3-202ENST00000355288 3811 ntTSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 OR8H2-203ENST00000641311 3092 ntAPPRIS P2 BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ARHGAP28-202ENST00000314319 5415 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC022336.2-201ENST00000568966 2538 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 R3HCC1L-205ENST00000612478 3337 ntTSL 5 BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 GAGE12B-201ENST00000361446 117 ntAPPRIS P1 BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Y_RNA.343-201ENST00000365354 112 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Y_RNA.571-201ENST00000384753 98 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MIR549A-201ENST00000385268 96 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SNORA11-201ENST00000408789 128 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPS12P10-201ENST00000427031 377 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 VDAC1P3-201ENST00000434069 851 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL020998.1-201ENST00000444923 229 ntTSL 3 BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 DCLRE1CP1-201ENST00000454630 470 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPS29P20-201ENST00000489592 171 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC078817.1-201ENST00000492623 435 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPS27AP10-201ENST00000496103 208 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC139720.2-201ENST00000514766 440 ntTSL 2 BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC015912.2-201ENST00000571053 181 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPL7P50-201ENST00000600588 727 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL591034.3-201ENST00000605511 685 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC114781.5-201ENST00000615297 108 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC068724.3-201ENST00000625906 87 ntBASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SEC31A-237ENST00000513858 3687 ntTSL 1 (best) BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ORC4-201ENST00000264169 6598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 NUTM2B-AS1-213ENST00000619625 7611 ntTSL 2 BASIC4.67□□□□□ -1.66
USP4Q13107 GALNT1-201ENST00000269195 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 PIGN-229ENST00000638936 4233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ERGIC2-212ENST00000611644 4961 ntTSL 5 BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-1290P-201ENST00000362957 109 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNA5SP479-201ENST00000364858 117 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-22P-201ENST00000384355 107 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AP003170.3-201ENST00000399123 158 ntTSL 5 BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL512633.1-201ENST00000399931 655 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC023669.2-201ENST00000436266 239 ntTSL 3 BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL445524.1-202ENST00000440665 416 ntTSL 3 BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL121594.1-201ENST00000475906 575 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC140059.1-201ENST00000489238 361 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC078918.1-201ENST00000498515 228 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-155P-201ENST00000516347 100 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-62P-201ENST00000516526 102 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SPTY2D1-AS1-203ENST00000542172 331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL133393.1-201ENST00000603277 287 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 5S_rRNA.16-201ENST00000612928 119 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC140113.4-201ENST00000622087 222 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC091932.3-201ENST00000624223 323 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC091895.1-201ENST00000624494 256 ntBASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MAP3K19-203ENST00000375845 4369 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SLC30A6-203ENST00000379343 2354 ntTSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 DNAH8-205ENST00000449981 12940 ntTSL 5 BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 PTPRC-201ENST00000348564 4626 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 TUG1-201ENST00000519077 5673 ntTSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 DLG1-217ENST00000452595 3053 ntTSL 2 BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MGA-202ENST00000545763 11413 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 TMEM106B-201ENST00000396667 12539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MYOT-208ENST00000515645 1578 ntTSL 2 BASIC4.65□□□□□ -1.66
USP4Q13107 CFTR-201ENST00000003084 6132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.65□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SLC38A9-223ENST00000515629 2673 ntTSL 2 BASIC4.65□□□□□ -1.66
USP4Q13107 N4BP2L2-205ENST00000446957 2071 ntTSL 5 BASIC4.65□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-449P-201ENST00000383914 107 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-1279P-201ENST00000383917 103 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-959P-201ENST00000384671 107 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR186-201ENST00000384988 86 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP372-201ENST00000390836 115 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SNORA40.19-201ENST00000390846 128 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AL357075.1-201ENST00000404107 726 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RAB28P5-201ENST00000427490 651 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 PHBP16-201ENST00000446318 950 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AL049830.2-201ENST00000480072 201 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CKS1BP7-201ENST00000522230 235 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR3160-1-201ENST00000577972 85 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 PSMD5-AS1-203ENST00000589026 525 ntTSL 5 BASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC005255.1-201ENST00000593748 216 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR3529-201ENST00000637713 78 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 EMSY-207ENST00000525919 4074 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RBBP6-202ENST00000348022 5739 ntTSL 1 (best) BASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CUL2-209ENST00000537177 4271 ntTSL 5 BASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MAPK10-286ENST00000641208 8747 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MAPK10-320ENST00000641462 6696 ntBASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RAPH1-203ENST00000374493 3909 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.65□□□□□ -1.67
USP4Q13107 BTAF1-204ENST00000544642 6938 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 TTC6-201ENST00000267368 1681 ntTSL 5 BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 PP2D1-202ENST00000389050 2151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC079062.1-203ENST00000581862 3610 ntTSL 1 (best) BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 BCLAF1-207ENST00000527759 4373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-1027P-201ENST00000383998 107 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
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