Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.1 ms