Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SPTA1P02549 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms