Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 LINC01187-201ENST00000506431 2314 ntTSL 5 BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC233981.2-201ENST00000611524 1614 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 KLF12-201ENST00000377669 10637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 TMEM71-210ENST00000523829 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 PSMD1-213ENST00000619128 3161 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-222P-201ENST00000362438 107 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-926P-201ENST00000384075 107 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MIR141-201ENST00000384975 95 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 TRAJ40-201ENST00000390497 61 ntAPPRIS P1 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 U3.32-201ENST00000408116 212 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-1140P-201ENST00000410517 106 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC005828.1-201ENST00000431604 524 ntTSL 5 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL450023.3-201ENST00000440592 271 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL078601.1-201ENST00000444542 271 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 HSPE1P25-201ENST00000455484 251 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC073218.1-201ENST00000458413 171 ntTSL 5 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL591473.1-201ENST00000464297 313 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC02046-202ENST00000481334 390 ntTSL 3 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 KRTAP5-14P-201ENST00000502328 121 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AKIRIN2P1-201ENST00000505898 352 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 Y_RNA.683-201ENST00000516508 93 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-861P-201ENST00000516745 106 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC022915.1-201ENST00000521660 289 ntTSL 3 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 SAMD15-202ENST00000533095 412 ntTSL 5 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MIR3921-201ENST00000577308 85 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC010928.2-201ENST00000588017 287 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 Metazoa_SRP.193-201ENST00000622007 277 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MIR6810-201ENST00000622701 70 ntBASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AP003481.1-201ENST00000637808 351 ntTSL 5 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 UGT2A1-203ENST00000503640 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 PIK3C3-217ENST00000639914 2722 ntTSL 5 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 FGF13-202ENST00000315930 19519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 METTL18-201ENST00000303469 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 FYB1-201ENST00000351578 4750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MIR99AHG-219ENST00000619222 3476 ntTSL 2 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 HIPK3-204ENST00000525975 3668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 ABI3BP-215ENST00000495063 3714 ntTSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MAPK10-208ENST00000395169 4049 ntTSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 STEAP2-203ENST00000394622 6612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 ANKRD30A-202ENST00000374660 4762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 CDR1-201ENST00000370532 2467 ntAPPRIS P1 BASIC5.11□□□□□ -1.59
USP4Q13107 FZD6-205ENST00000522566 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 Y_RNA.44-201ENST00000362676 108 ntBASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-682P-201ENST00000363843 106 ntBASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 R3HDM1-203ENST00000409606 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MAP1LC3BP1-201ENST00000417653 379 ntBASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 BX510359.2-201ENST00000417920 305 ntBASIC5.1□□□□□ -1.59
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USP4Q13107 AC010285.1-201ENST00000470580 392 ntBASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 KC877373.1-201ENST00000479066 408 ntBASIC5.1□□□□□ -1.59
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USP4Q13107 SEPT14P8-201ENST00000508026 178 ntBASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC134698.5-201ENST00000519444 336 ntBASIC5.1□□□□□ -1.59
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USP4Q13107 RNF182-207ENST00000537663 3382 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 DAZ1-205ENST00000540248 3268 ntTSL 5 BASIC5.1□□□□□ -1.59
USP4Q13107 PLD1-203ENST00000356327 5855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.1□□□□□ -1.59
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USP4Q13107 SMC2-AS1-201ENST00000603487 7020 ntTSL 2 BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 A2MP1-204ENST00000566278 4130 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC009541.1-201ENST00000438279 2662 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-78P-201ENST00000362897 107 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 SNORD63-201ENST00000384262 68 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 TRAJ48-201ENST00000390489 63 ntAPPRIS P1 BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RPS16P5-201ENST00000406501 404 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 Y_RNA.626-201ENST00000411288 95 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL445259.1-203ENST00000427828 251 ntTSL 3 BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL161618.1-201ENST00000438738 761 ntTSL 5 BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC000111.2-201ENST00000448200 210 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC01810-201ENST00000450397 411 ntTSL 3 BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 NUTF2P7-201ENST00000453086 375 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RPL23AP56-201ENST00000460778 453 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RN7SL459P-201ENST00000481078 302 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RPL23AP75-201ENST00000491601 451 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC010265.1-201ENST00000513509 211 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RAB9BP1-201ENST00000519581 626 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 TRAV30-201ENST00000557168 337 ntAPPRIS P1 BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC022809.1-201ENST00000579247 428 ntTSL 3 BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC00901.1-201ENST00000617252 152 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 SCN2A-201ENST00000283256 8660 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL592437.2-201ENST00000421655 2434 ntBASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC00989-201ENST00000508174 2080 ntTSL 3 BASIC5.09□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MAPK10-304ENST00000641341 3984 ntBASIC5.09□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TET2-203ENST00000380013 9679 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.09□□□□□ -1.6
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