Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC063944.1-201ENST00000496943 295 ntTSL 3 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC097501.2-201ENST00000502668 305 ntTSL 5 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-572P-201ENST00000516724 80 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-1212P-201ENST00000517023 104 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RN7SL435P-201ENST00000584418 282 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 BRDTP1-201ENST00000605735 677 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC008035.1-201ENST00000607353 448 ntTSL 3 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC034238.1-215ENST00000609792 219 ntTSL 5 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 EIF4EBP2-201ENST00000373218 7257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 CD200R1-204ENST00000471858 3679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 SAMMSON-226ENST00000642089 1582 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC004925.1-201ENST00000624256 2706 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 GTDC1-206ENST00000409214 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 HAUS6P2-201ENST00000433254 2404 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 USP26-203ENST00000511190 3665 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 OR2AT4-205ENST00000641931 8357 ntAPPRIS P1 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 TNFRSF17-202ENST00000396495 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL109914.1-201ENST00000414740 146 ntTSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 TMSB10P2-201ENST00000416049 131 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 COX6CP10-201ENST00000416832 224 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 CYP4F29P-201ENST00000420685 446 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC01757-201ENST00000435552 480 ntTSL 2 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL590422.1-201ENST00000451829 364 ntTSL 3 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AURKAPS2-201ENST00000454983 333 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 snoU13.30-201ENST00000458951 104 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MRPS33-209ENST00000496958 688 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 TRAPPC2P2-201ENST00000517589 409 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC009554.1-201ENST00000559251 399 ntTSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC003687.1-201ENST00000578040 427 ntTSL 3 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AP005059.1-201ENST00000578391 456 ntTSL 2 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MIR663AHG-231ENST00000609044 590 ntTSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MIR6780A-201ENST00000615089 68 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AP000346.3-201ENST00000622821 210 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC097372.5-201ENST00000623665 376 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC068631.1-219ENST00000625826 668 ntTSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC01359-207ENST00000634799 487 ntTSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MIR6715B-201ENST00000637172 77 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 U4.7-201ENST00000638126 106 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC132825.6-201ENST00000638861 357 ntBASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 CRISP1-202ENST00000335847 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 CTAGE5-210ENST00000553728 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 PTRH2-203ENST00000470557 4114 ntAPPRIS P3 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 NBPF10-202ENST00000617010 11630 ntTSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MS4A14-203ENST00000395005 2813 ntTSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC01630-206ENST00000635103 4292 ntTSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.59
USP4Q13107 DNAJC9-AS1-204ENST00000440197 2865 ntTSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.59
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USP4Q13107 RNU6-1159P-201ENST00000362933 107 ntBASIC5.13□□□□□ -1.59
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USP4Q13107 AC087463.2-201ENST00000565943 472 ntTSL 3 BASIC5.13□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC01533-205ENST00000593056 607 ntTSL 3 BASIC5.13□□□□□ -1.59
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USP4Q13107 LTN1-202ENST00000389194 7749 ntTSL 1 (best) BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 PUS7L-201ENST00000344862 13593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 GABRG2-214ENST00000639111 11735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNF111-212ENST00000561186 4536 ntTSL 2 BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 DST-202ENST00000312431 17756 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 INTS6-220ENST00000497989 3022 ntTSL 2 BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RPL34-AS1-202ENST00000507248 3713 ntTSL 2 BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC079741.1-201ENST00000321498 212 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU4-90P-201ENST00000362773 141 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNA5SP505-201ENST00000364748 108 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU4-9P-201ENST00000364951 139 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-290P-201ENST00000365212 101 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC009220.1-201ENST00000451614 275 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 ANP32BP2-201ENST00000454525 545 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 LINC02233-201ENST00000513718 358 ntTSL 3 BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNA5SP392-201ENST00000516905 112 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNA5SP165-201ENST00000517142 115 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MRPS36P4-201ENST00000534436 298 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AP006289.1-201ENST00000538089 277 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MED28P6-201ENST00000558776 231 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 NDUFB4P11-201ENST00000560510 395 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 USP32P2-207ENST00000608376 253 ntTSL 5 BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 CR381572.2-201ENST00000624852 397 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 ADGRF2-202ENST00000398742 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 MAP3K20-202ENST00000375213 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.12□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC018529.3-201ENST00000624212 2254 ntBASIC5.12□□□□□ -1.59
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