Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 LINC02431-201ENST00000503929 3601 ntTSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AKAP4-201ENST00000358526 2881 ntTSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ZNF12-203ENST00000404360 4474 ntTSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 TAS2R3-201ENST00000247879 1101 ntAPPRIS P1 BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RPL9P7-201ENST00000330965 580 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Y_RNA.20-201ENST00000362479 113 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Y_RNA.183-201ENST00000363882 113 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-1317P-201ENST00000364582 104 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 DEFB136-201ENST00000382209 237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Y_RNA.785-201ENST00000384290 109 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SNORA70E-201ENST00000384492 135 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-882P-201ENST00000391025 103 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-121P-201ENST00000410525 99 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AF186996.5-201ENST00000418098 904 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC138024.1-201ENST00000420867 699 ntTSL 3 BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL590762.4-201ENST00000425885 253 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL513043.1-201ENST00000439124 535 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 snoU13.3-201ENST00000459441 104 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-1037P-201ENST00000459571 107 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RPL9P9-202ENST00000466501 579 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC009127.1-201ENST00000467090 155 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SUMO2P6-201ENST00000505273 288 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU1-86P-201ENST00000516108 154 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU1-107P-201ENST00000516617 154 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC034114.1-201ENST00000520293 285 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PRH1-206ENST00000543626 710 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC022080.3-201ENST00000544433 482 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC233702.9-201ENST00000581528 203 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL049539.1-201ENST00000611964 459 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC034102.8-201ENST00000615146 484 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL161782.1-201ENST00000622930 586 ntTSL 3 BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RALGAPB-202ENST00000397040 8435 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC011900.1-201ENST00000446838 2999 ntTSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 BBX-203ENST00000402543 3980 ntTSL 5 BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ADAM5-202ENST00000399789 1942 ntBASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 UTS2B-201ENST00000340524 2395 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 GPALPP1-201ENST00000357537 5368 ntTSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL731532.2-201ENST00000623542 1953 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 KIAA0408-204ENST00000483725 3284 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PIGK-203ENST00000445065 4318 ntTSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 OR2L13-201ENST00000358120 1942 ntAPPRIS P1 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 WDHD1-201ENST00000360586 5996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 DDX4-204ENST00000505374 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 OR4E2-202ENST00000641524 2855 ntAPPRIS P1 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AGO3-203ENST00000373191 19687 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 U3.3-201ENST00000362986 216 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 BPY2-202ENST00000382585 321 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-708P-201ENST00000384217 107 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-178P-201ENST00000384631 104 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-700P-201ENST00000391043 107 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 GLULP6-201ENST00000399502 913 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR548H3-201ENST00000408771 118 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 LINC00279-201ENST00000413486 473 ntTSL 3 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL592045.1-201ENST00000429867 352 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC068491.2-201ENST00000438897 617 ntTSL 2 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC073465.2-201ENST00000440938 498 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RPL7P5-201ENST00000471472 736 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC091912.1-201ENST00000511351 248 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC091887.1-201ENST00000514002 439 ntTSL 5 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-911P-201ENST00000516523 104 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SNORA81.3-201ENST00000517283 198 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 LINC02350-201ENST00000544419 480 ntTSL 3 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 FKBP1BP1-201ENST00000553366 325 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC087463.1-201ENST00000568541 556 ntTSL 2 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC002558.3-201ENST00000574021 401 ntTSL 3 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC022884.2-201ENST00000578535 580 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR4436B2-201ENST00000581415 91 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR4436B1-201ENST00000583272 91 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ERVK-28-203ENST00000600419 457 ntTSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC010900.2-201ENST00000604508 210 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 BPY2B-204ENST00000615850 321 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 BPY2C-204ENST00000618574 321 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AP001642.1-201ENST00000624727 2117 ntBASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC093495.1-217ENST00000627385 428 ntTSL 5 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CLEC1B-204ENST00000428126 3054 ntTSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PCDH11X-202ENST00000361655 4126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SCN2A-203ENST00000375437 8792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CXCL9-201ENST00000264888 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 EVI2A-201ENST00000247270 1860 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RRAS2-202ENST00000414023 1884 ntTSL 2 BASIC5.49□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ZNF645-201ENST00000323684 1519 ntAPPRIS P1 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 DSE-204ENST00000452085 10586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC103740.1-201ENST00000558888 7427 ntTSL 2 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 FILIP1-202ENST00000370020 4051 ntTSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 UBE2L2-201ENST00000254302 429 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC004057.1-202ENST00000356247 284 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SPRR2D-203ENST00000368757 800 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Y_RNA.462-201ENST00000384268 102 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Y_RNA.555-201ENST00000384673 110 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR585-201ENST00000384887 94 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 HSPA8P15-201ENST00000401676 786 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU2-25P-201ENST00000411041 191 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-130P-201ENST00000411112 103 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC093162.1-201ENST00000419682 124 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC007271.1-201ENST00000428188 382 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SPATA13-AS1-201ENST00000430733 433 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL136140.1-201ENST00000436113 473 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC004383.1-201ENST00000438135 289 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC092637.1-201ENST00000444745 510 ntTSL 5 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC121764.3-201ENST00000465946 384 ntTSL 2 BASIC5.48□□□□□ -1.53
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