Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HOXC9P31274 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HOXC9P31274 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms