Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc39Q9D5Y1 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC27.56■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC27.56■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc39Q9D5Y1 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
Ccdc39Q9D5Y1 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC27.45■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Ccdc39Q9D5Y1 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
Ccdc39Q9D5Y1 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.4 ms