Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
Upf3bQ3ULL6 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Upf3bQ3ULL6 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
Upf3bQ3ULL6 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
Upf3bQ3ULL6 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Upf3bQ3ULL6 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.7 ms