Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TRAPPC2P3-201ENST00000443200 321 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 CYCSP24-201ENST00000445119 316 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MRPL50P4-201ENST00000446432 475 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 OR1H1P-201ENST00000448731 937 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC114814.3-201ENST00000449362 663 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC004936.1-201ENST00000451755 361 ntTSL 3 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AL359715.2-201ENST00000452402 682 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 LINC01768-201ENST00000453347 476 ntTSL 3 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 CXorf51A-201ENST00000458472 431 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 SNORD97-201ENST00000459187 142 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 snoU13.3-201ENST00000459441 104 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RPL7P23-201ENST00000493874 747 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 TM4SF1-AS1-202ENST00000496491 754 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 ENPP7P11-201ENST00000505915 627 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MTCO3P9-201ENST00000506989 781 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AP001961.1-201ENST00000515782 526 ntTSL 3 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 BTF3P12-201ENST00000519620 469 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC103783.1-201ENST00000520506 373 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC100870.1-201ENST00000522035 505 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC114550.2-201ENST00000524008 397 ntTSL 3 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AP000786.1-201ENST00000541092 581 ntTSL 4 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC069437.1-201ENST00000551372 512 ntTSL 4 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AL160237.1-201ENST00000554526 572 ntTSL 4 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 LINC02137-203ENST00000567448 930 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AP001021.1-201ENST00000577704 244 ntTSL 3 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC103987.2-201ENST00000583436 417 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC020910.3-201ENST00000603701 874 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 TEX41-238ENST00000604253 709 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC021646.1-201ENST00000605469 484 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 NAA60-237ENST00000615865 326 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 C7orf77-201ENST00000616258 548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 SPTY2D1-AS1-204ENST00000634992 373 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC073172.1-201ENST00000636967 851 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 FOXP1-IT1-201ENST00000498714 3539 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MYO9A-203ENST00000444904 7749 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 FAM197Y9-201ENST00000451062 2332 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AK9-201ENST00000285397 2566 ntTSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AL139811.1-201ENST00000424779 2299 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MUC12-202ENST00000379442 16737 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 SAMD12-202ENST00000409003 8866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RLIM-201ENST00000332687 8317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 KCNJ16-204ENST00000585558 4014 ntTSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 LINC00862-201ENST00000367355 1417 ntTSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 GPX8-203ENST00000503787 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 KLHL13-203ENST00000371878 3234 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 NKRF-202ENST00000371527 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MYBPC1-202ENST00000361685 3871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 KDM3B-209ENST00000542866 3634 ntTSL 2 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 CNTN5-201ENST00000279463 5925 ntTSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 FZD6-205ENST00000522566 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RGS5-201ENST00000313961 5862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 NXPE1-204ENST00000536271 2289 ntTSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 DOCK7-211ENST00000634264 6303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MYO3A-203ENST00000376302 2723 ntTSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MARCH1-202ENST00000339875 2476 ntTSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 BDP1P-201ENST00000582658 1990 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 CKS1B-201ENST00000308987 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RNU6-1284P-201ENST00000363701 100 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 XAGE1A-202ENST00000375600 474 ntTSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 XAGE1B-202ENST00000375613 474 ntTSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 SNORA32.2-201ENST00000384049 122 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RNU6-1029P-201ENST00000384109 107 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 Y_RNA.460-201ENST00000384255 102 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MIR298-201ENST00000401212 88 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AL359643.1-201ENST00000404109 423 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RNA5SP113-201ENST00000410486 84 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RN7SKP159-201ENST00000410657 292 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MTND3P8-201ENST00000412909 339 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RPL17P36-201ENST00000420302 549 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MTND6P18-201ENST00000439477 513 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RPL23AP33-201ENST00000442301 452 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MTND1P18-201ENST00000448191 573 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 CEACAMP6-201ENST00000452007 574 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC121764.1-201ENST00000472238 563 ntTSL 4 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RPL23AP11-201ENST00000475260 469 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RPS27AP1-201ENST00000475545 471 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC099509.1-201ENST00000502437 652 ntTSL 2 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC091885.1-201ENST00000506658 268 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC103851.1-201ENST00000506833 274 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC108037.1-201ENST00000514103 423 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 Y_RNA.701-201ENST00000516812 110 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 RNA5SP503-201ENST00000517047 117 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 GYPA-211ENST00000535709 695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AP001880.2-201ENST00000538233 448 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 PRB1-204ENST00000546254 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC093027.1-201ENST00000546698 429 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 PSMA3P-201ENST00000555485 635 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 NDUFB4P11-201ENST00000560510 395 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC011939.2-201ENST00000567396 428 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 LINC02185-201ENST00000575424 760 ntTSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MIR4703-201ENST00000577728 79 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AP005059.1-201ENST00000578391 456 ntTSL 2 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 TTN-AS1-243ENST00000591867 748 ntTSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC243960.4-201ENST00000600532 288 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC012443.1-201ENST00000605605 231 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 AC093913.1-201ENST00000614178 329 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 uc_338.11-201ENST00000619132 160 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 MIR7703-201ENST00000620784 77 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 FRG1KP-201ENST00000623592 341 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP53Q70EK8 VPS8-228ENST00000628962 207 ntTSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.2 ms