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| RUNX3 | Q13761 | ZNF131-215 | ENST00000509931 | 970 nt | TSL 2 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC109471.1-201 | ENST00000511631 | 612 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MEF2C-AS1-208 | ENST00000512585 | 741 nt | TSL 5 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-202P-201 | ENST00000515998 | 96 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP135-201 | ENST00000517019 | 125 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC107934.2-201 | ENST00000518653 | 310 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | HEATR5B-201 | ENST00000233099 | 6905 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IFT80-220 | ENST00000483465 | 4044 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SYTL2-203 | ENST00000359152 | 4123 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP391-201 | ENST00000363456 | 119 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1293P-201 | ENST00000384077 | 107 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC080014.1-201 | ENST00000496877 | 1201 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DYNLL1P6-201 | ENST00000503440 | 264 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | HIGD1AP3-201 | ENST00000515857 | 278 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007876.1-201 | ENST00000527562 | 983 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087276.4-201 | ENST00000530042 | 444 nt | TSL 3 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HTN3-205 | ENST00000530128 | 775 nt | APPRIS P2 TSL 2 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP002404.1-201 | ENST00000532005 | 451 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022080.3-201 | ENST00000544433 | 482 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL121603.1-201 | ENST00000553815 | 142 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL121576.1-201 | ENST00000556055 | 276 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01146-208 | ENST00000557355 | 548 nt | TSL 4 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009094.1-201 | ENST00000564443 | 426 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL031716.1-201 | ENST00000569106 | 530 nt | TSL 5 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC133065.1-201 | ENST00000572017 | 575 nt | TSL 3 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01894-201 | ENST00000580984 | 487 nt | TSL 2 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068313.1-201 | ENST00000604028 | 1008 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HNRNPDLP4-201 | ENST00000605144 | 301 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-156P-201 | ENST00000621869 | 107 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP003485.2-201 | ENST00000623636 | 610 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC017037.3-201 | ENST00000625016 | 472 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SMIM18-202 | ENST00000626298 | 114 nt | TSL 5 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ATF2-221 | ENST00000538946 | 1325 nt | TSL 5 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC066616.2-201 | ENST00000559334 | 1481 nt | BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | VPS13C-203 | ENST00000395896 | 14579 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SULT1E1-201 | ENST00000226444 | 1780 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SLC38A9-203 | ENST00000416547 | 2236 nt | TSL 5 BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NR5A2-201 | ENST00000236914 | 3115 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.32 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C6orf10-209 | ENST00000612031 | 2179 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 3.31 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011124.1-201 | ENST00000521221 | 1762 nt | TSL 2 BASIC | 3.31 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ADAM18-206 | ENST00000520772 | 1429 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.31 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NF1-214 | ENST00000490416 | 1329 nt | TSL 3 BASIC | 3.31 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR51A7-201 | ENST00000359350 | 1048 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.31 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CFHR1-202 | ENST00000367424 | 1070 nt | TSL 5 BASIC | 3.31 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-413P-201 | ENST00000384115 | 107 nt | BASIC | 3.31 | □□□□□ -1.88 | | |