Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC005798.1-201ENST00000513715 387 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC008489.1-201ENST00000524271 483 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 MIR3186-201ENST00000577404 85 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC134669.2-201ENST00000578584 1008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC079070.1-201ENST00000578740 555 ntTSL 2 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 LINC01909-202ENST00000584919 815 ntTSL 3 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 LINC01002-206ENST00000631772 539 ntTSL 4 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 DAOA-201ENST00000329625 1433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 KCNRG-202ENST00000360473 1623 ntTSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC018462.1-201ENST00000425966 1684 ntTSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 CASC1-203ENST00000395987 2363 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 ADGRL2-211ENST00000370730 6173 ntTSL 5 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 UGT8-202ENST00000394511 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 OXR1-207ENST00000497705 2007 ntTSL 2 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 DPP10-204ENST00000409163 3883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 SNORA38.1-201ENST00000364172 131 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 C1orf100-202ENST00000366537 483 ntTSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 SNORD17-201ENST00000390930 237 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AL034403.1-201ENST00000399414 885 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 FAM26D-203ENST00000405399 1165 ntTSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC106901.1-201ENST00000425086 698 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC006994.1-201ENST00000438212 839 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AL671855.1-201ENST00000446875 1203 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 RPL21P8-201ENST00000465083 535 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC080162.1-201ENST00000480764 491 ntTSL 3 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 LINC02213-202ENST00000506021 774 ntTSL 2 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC021146.1-201ENST00000511202 716 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 RANP9-201ENST00000519957 271 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC093515.1-201ENST00000567103 445 ntTSL 5 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC064805.2-201ENST00000582959 523 ntTSL 4 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC093330.1-201ENST00000583326 568 ntTSL 4 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC097717.1-250ENST00000608498 273 ntTSL 5 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC119674.1-212ENST00000641155 993 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 TOP2A-201ENST00000423485 5758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 ADGRG4-203ENST00000394143 9931 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 RNF6-201ENST00000346166 3282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 OR2L3-201ENST00000359959 2792 ntAPPRIS P1 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 ANKRD28-215ENST00000624145 6383 ntTSL 2 BASIC3.05□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 CPD-202ENST00000543464 4007 ntTSL 2 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 IL1RL1-204ENST00000409584 2693 ntTSL 5 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 CKAP5-201ENST00000312055 6532 ntTSL 5 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 HSP90AA4P-202ENST00000506915 2228 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AIMP1P1-201ENST00000418670 937 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AL445259.1-202ENST00000434768 379 ntTSL 3 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AL359878.2-201ENST00000435531 407 ntTSL 3 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AL138916.1-201ENST00000436295 455 ntTSL 3 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC006480.1-201ENST00000449887 378 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC010468.2-201ENST00000511981 438 ntTSL 2 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AP001360.2-201ENST00000534423 562 ntTSL 4 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC079203.2-201ENST00000559867 387 ntTSL 2 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC021517.1-203ENST00000590257 421 ntTSL 3 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC097467.3-207ENST00000602249 725 ntTSL 5 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC092628.2-201ENST00000622492 339 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC127502.3-201ENST00000636170 1206 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 hsa-mir-4776-1.1-201ENST00000636364 80 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 ADGRL2-207ENST00000370723 5254 ntTSL 5 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 ADGRL2-208ENST00000370725 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 CHM-205ENST00000615443 2821 ntTSL 1 (best) BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 SUGT1-201ENST00000310528 14131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 RTKN2-202ENST00000373789 6641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 ADAM5-201ENST00000359790 1663 ntTSL 1 (best) BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 FPGT-TNNI3K-202ENST00000370895 7566 ntTSL 2 BASIC3.04□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 RAD1P1-201ENST00000231383 813 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 TMCO2-201ENST00000372766 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 CDKL4-202ENST00000395035 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 HSPE1P8-201ENST00000406997 288 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 TRAPPC2P10-201ENST00000415662 323 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC004837.2-201ENST00000435766 731 ntTSL 3 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AP000936.3-201ENST00000438127 255 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC005229.2-201ENST00000456995 399 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC006518.2-202ENST00000544947 297 ntTSL 2 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC006960.3-201ENST00000561845 705 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC090506.1-201ENST00000583089 572 ntTSL 4 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC010928.1-202ENST00000589354 473 ntTSL 3 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC138932.5-201ENST00000617759 563 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 USP8P1-201ENST00000494673 3183 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 GPRC6A-202ENST00000368549 2622 ntTSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 RNF38-203ENST00000353739 4945 ntTSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 CDY3P-201ENST00000454543 1618 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AL049830.3-201ENST00000555108 1991 ntTSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 CFTR-201ENST00000003084 6132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 FAM111A-207ENST00000531147 3996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 F13B-201ENST00000367412 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 CPB2-202ENST00000439329 1655 ntTSL 5 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 RFX3-203ENST00000381984 364 ntTSL 3 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 RNU6-146P-201ENST00000384602 108 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 DEFB116-201ENST00000400549 309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AL391417.1-201ENST00000404100 426 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 HIGD1AP12-201ENST00000427832 281 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC097713.2-201ENST00000430199 356 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 USP9YP7-201ENST00000436723 430 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AL831737.1-201ENST00000441288 271 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 USP9YP32-201ENST00000452432 430 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 TRBV8-2-201ENST00000475637 270 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 TMED11P-201ENST00000479478 690 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC010285.3-201ENST00000511668 676 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC104619.2-201ENST00000514293 646 ntTSL 3 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 FBXO3-AS1-202ENST00000533046 386 ntTSL 3 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 AC092131.1-201ENST00000564046 548 ntTSL 4 BASIC3.03□□□□□ -1.92
CHD3Q12873 SLC16A7-201ENST00000261187 11777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103.6 ms