Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RNASE6-201ENST00000304677 1061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 OR10AG1-201ENST00000312345 1016 ntAPPRIS P1 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 HMGB3P7-201ENST00000400214 611 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AL357515.1-201ENST00000402967 542 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 LINC01507-201ENST00000417801 446 ntTSL 5 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC004415.1-201ENST00000422697 449 ntTSL 3 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC106901.1-201ENST00000425086 698 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC090505.2-201ENST00000427064 464 ntTSL 3 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AL158154.1-201ENST00000427387 465 ntTSL 3 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 ARPP21-218ENST00000438071 1103 ntTSL 3 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC068491.2-201ENST00000438897 617 ntTSL 2 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 LINC01767-201ENST00000451914 545 ntTSL 2 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RPL23AP56-201ENST00000460778 453 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RPS3AP41-201ENST00000462701 778 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RPL7P16-201ENST00000479738 738 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 HDAC2-AS2-207ENST00000518470 563 ntTSL 4 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC026688.1-201ENST00000520639 1168 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 MORF4L1P3-201ENST00000525966 950 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AP001992.1-201ENST00000533875 723 ntTSL 5 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC090518.1-202ENST00000568246 578 ntTSL 4 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC027281.1-201ENST00000574178 758 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC127024.5-201ENST00000580085 462 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC020910.3-201ENST00000603701 874 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC079791.1-201ENST00000605356 973 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AL049794.2-201ENST00000616301 365 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 BX005214.3-202ENST00000619809 325 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC134980.1-203ENST00000640541 570 ntTSL 4 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 C2orf83-206ENST00000642055 453 ntAPPRIS P3 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 PPEF1-201ENST00000349874 2687 ntTSL 5 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 DNAH14-208ENST00000430092 13763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 FNIP1-201ENST00000307954 6366 ntTSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 NKIRAS1-209ENST00000614374 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 ARID2-202ENST00000422737 5481 ntTSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC099654.2-201ENST00000433031 1980 ntBASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 SCAF11-212ENST00000549162 3934 ntTSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 LINC00240-204ENST00000607607 5607 ntTSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 OR5A2-203ENST00000641673 9444 ntAPPRIS P1 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 UBR5-204ENST00000518205 1931 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 FAM46D-202ENST00000538312 3106 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 MTHFD2L-207ENST00000433372 1407 ntTSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 R3HDM1-203ENST00000409606 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 CYP3A43-201ENST00000222382 1515 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 FABP4-201ENST00000256104 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RNU6-819P-201ENST00000364116 107 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 LIX1L-AS1-201ENST00000366105 377 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RNA5SP187-201ENST00000384400 119 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 U3.23-201ENST00000391132 200 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 NPM1P37-201ENST00000403105 874 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 TBCAP2-201ENST00000416175 326 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 DPPA2P2-201ENST00000418220 897 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC104837.2-201ENST00000427236 424 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 VTI1BP4-201ENST00000427516 527 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 TPTE2P1-203ENST00000434100 514 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 MAPRE1P3-201ENST00000435438 796 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RPL31P44-201ENST00000447680 377 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 MRPL35P2-201ENST00000448009 511 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 PCBP1-AS1-237ENST00000452431 1194 ntTSL 4 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AL137005.1-201ENST00000452944 719 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RPS3AP53-201ENST00000454716 778 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RPL35AP28-201ENST00000459730 331 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC116562.1-201ENST00000485355 781 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 GAPDHP56-201ENST00000506031 988 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 SNORA70.17-201ENST00000516449 133 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 RNA5SP230-201ENST00000517039 122 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AP001574.1-201ENST00000519566 546 ntTSL 4 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 DDHD2-219ENST00000529845 945 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 OR5D15P-201ENST00000531671 942 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC005906.2-204ENST00000541095 481 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 NELL2-211ENST00000548826 559 ntTSL 2 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 LINC02313-201ENST00000553330 550 ntTSL 2 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC009268.1-201ENST00000561352 1203 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AGGF1P9-201ENST00000561884 913 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC009139.2-201ENST00000569032 566 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC107926.1-201ENST00000581673 621 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC104984.2-201ENST00000582938 385 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 HAUS1-203ENST00000585518 506 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 VDAC1P8-204ENST00000589489 997 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC010894.2-203ENST00000606406 499 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AP001521.2-201ENST00000608772 546 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC015922.4-201ENST00000612568 690 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AL022401.1-201ENST00000619498 108 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC019206.1-201ENST00000621938 425 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AP000648.2-201ENST00000624182 404 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 C5-201ENST00000223642 5465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC106895.2-201ENST00000511291 1824 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 MED13-201ENST00000397786 10465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 TCF4-290ENST00000638154 7801 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 KMO-202ENST00000366557 4888 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 CLVS1-205ENST00000519846 3622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 OR56A4-204ENST00000641835 3613 ntAPPRIS P1 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 OR4E1-202ENST00000641792 3742 ntAPPRIS P5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 CACNB4-243ENST00000637217 8188 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 MEIOB-201ENST00000325962 1694 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 CFH-206ENST00000630130 1658 ntTSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 ZEB1-208ENST00000542815 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AC005005.4-201ENST00000623789 16698 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 TENM1-202ENST00000422452 12891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 ZNF845-201ENST00000458035 4311 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.99□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 AL356317.1-201ENST00000396110 1436 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
LHX3Q9UBR4 PAN3-202ENST00000399613 4940 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.98□□□□□ -1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 136.9 ms