Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC87Q9NVE4 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms