Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 AC009220.2-201ENST00000489759 1751 ntBASIC6.48□□□□□ -1.37
SP140Q13342 MAP3K20-AS1-203ENST00000423106 2538 ntTSL 1 (best) BASIC6.48□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC093010.2-202ENST00000493033 3023 ntTSL 2 BASIC6.48□□□□□ -1.37
SP140Q13342 PABPC1P8-201ENST00000452851 2086 ntBASIC6.48□□□□□ -1.37
SP140Q13342 NUP153-201ENST00000262077 5487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.48□□□□□ -1.37
SP140Q13342 HBS1L-206ENST00000415177 2636 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 LINGO2-202ENST00000379992 3044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 TRPC4-204ENST00000379673 2760 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 MEIOC-202ENST00000409464 4067 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 ZNF793-202ENST00000542455 4073 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 NOSTRIN-209ENST00000458381 2535 ntTSL 2 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC018628.1-201ENST00000624147 3819 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 VEGFD-201ENST00000297904 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 CSNK1G1-202ENST00000561349 1756 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 DMD-202ENST00000343523 5623 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 ATF7IP-201ENST00000261168 8878 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 HIST1H1A-201ENST00000244573 648 ntAPPRIS P1 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 TSPAN8-201ENST00000247829 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 SCG5-201ENST00000300175 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 OR52H1-201ENST00000322653 1057 ntAPPRIS P1 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 WFDC11-201ENST00000324384 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 FAM66C-201ENST00000372173 678 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC019178.1-201ENST00000392337 440 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL590635.1-201ENST00000406314 586 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 ZNF37CP-201ENST00000406795 241 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC098592.2-201ENST00000413158 265 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 MEAF6P1-201ENST00000416092 327 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 VPS26BP1-201ENST00000417155 755 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL359962.1-201ENST00000417969 303 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC009506.2-201ENST00000420635 840 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL160275.1-201ENST00000423632 476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC092634.2-201ENST00000428146 1010 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL133465.1-201ENST00000432942 512 ntTSL 3 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL451164.3-201ENST00000441377 447 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC004470.1-201ENST00000442155 382 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 LRRC28-203ENST00000447360 1235 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 LIX1L-AS1-206ENST00000447686 846 ntTSL 2 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL009048.1-201ENST00000450437 298 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 RPL7P61-201ENST00000451721 751 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 TREML3P-201ENST00000457327 501 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 RN7SKP198-201ENST00000459286 306 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC015864.1-201ENST00000496512 544 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC091868.2-201ENST00000506717 556 ntTSL 3 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC096773.1-201ENST00000506852 648 ntTSL 3 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC112518.2-201ENST00000508565 425 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 PRELID3BP5-201ENST00000508612 460 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC005699.1-204ENST00000509244 747 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC139491.3-201ENST00000509643 684 ntTSL 3 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC092903.2-201ENST00000510244 427 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC140125.1-201ENST00000515739 684 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC023866.2-201ENST00000521378 387 ntTSL 3 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 C5orf58-205ENST00000524171 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 MORF4L1P3-201ENST00000525966 950 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AP002498.1-201ENST00000530190 568 ntTSL 3 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC084851.2-201ENST00000530377 364 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 OR52K3P-201ENST00000531655 943 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 SLC25A51P2-201ENST00000535708 889 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 VBP1-203ENST00000535916 944 ntTSL 2 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 MAGOHB-204ENST00000539554 666 ntTSL 3 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC145350.2-201ENST00000561541 821 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL390718.1-201ENST00000566904 506 ntTSL 3 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 TTN-AS1-219ENST00000586707 834 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL136084.2-222ENST00000589105 885 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AF230666.2-201ENST00000602328 725 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 BUB1P1-201ENST00000603541 607 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC025811.1-201ENST00000604312 472 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 CYCSP1-201ENST00000604815 315 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC097467.4-201ENST00000605504 141 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 BACH1-IT2-202ENST00000608072 691 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL513478.2-201ENST00000610400 988 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 HOXA11-AS1_3.1-201ENST00000613383 98 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 PRL-202ENST00000615510 1268 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 LINC01646-202ENST00000634256 1107 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 CDH12-208ENST00000522262 3028 ntTSL 2 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 RBPJP6-201ENST00000411556 1431 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 PIGN-207ENST00000586566 3891 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 IGF2BP3-218ENST00000619562 2126 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 NHS-202ENST00000398097 8213 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 KIAA1328-202ENST00000586135 1863 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 LINC00702-203ENST00000608792 6300 ntTSL 4 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 TCF7L2-210ENST00000369397 3802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 LINC01440-201ENST00000416190 1340 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AL929601.4-201ENST00000613011 1341 ntBASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC245100.4-202ENST00000634638 1342 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 IGF2BP3-201ENST00000258729 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 RNASE13-201ENST00000382951 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC012668.3-202ENST00000417485 1642 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 MR1-209ENST00000617803 7584 ntTSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.37
SP140Q13342 CC2D2B-202ENST00000410012 1792 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.46□□□□□ -1.37
SP140Q13342 GYPA-214ENST00000641688 1764 ntAPPRIS ALT2 BASIC6.46□□□□□ -1.37
SP140Q13342 AC093297.3-201ENST00000607056 2517 ntBASIC6.46□□□□□ -1.37
SP140Q13342 LRRC37A15P-201ENST00000514785 1355 ntBASIC6.46□□□□□ -1.37
SP140Q13342 API5P1-201ENST00000424316 1510 ntBASIC6.46□□□□□ -1.37
SP140Q13342 PLCE1-203ENST00000371385 6500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.46□□□□□ -1.37
SP140Q13342 PRDM2-202ENST00000311066 7437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.46□□□□□ -1.38
SP140Q13342 SPP2-201ENST00000168148 1024 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.46□□□□□ -1.38
SP140Q13342 CCR8-201ENST00000326306 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.46□□□□□ -1.38
SP140Q13342 SULT1C3-201ENST00000329106 915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.46□□□□□ -1.38
SP140Q13342 ZNF410-202ENST00000334521 2193 ntTSL 5 BASIC6.46□□□□□ -1.38
SP140Q13342 OR13F1-201ENST00000334726 960 ntAPPRIS P1 BASIC6.46□□□□□ -1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.9 ms