Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms