Protein–RNA interactions for Protein: Q9ESN2

Trim39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, mousemouse

Predictions only

Length 488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim39Q9ESN2 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim39Q9ESN2 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim39Q9ESN2 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim39Q9ESN2 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim39Q9ESN2 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim39Q9ESN2 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim39Q9ESN2 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Trim39Q9ESN2 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Trim39Q9ESN2 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Trim39Q9ESN2 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
Trim39Q9ESN2 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Trim39Q9ESN2 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim39Q9ESN2 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.2 ms