Protein–RNA interactions for Protein: Q9ESN2

Trim39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, mousemouse

Predictions only

Length 488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim39Q9ESN2 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC33,09■■■□□ 2,89
Trim39Q9ESN2 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,68■■■□□ 2,5
Trim39Q9ESN2 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC30,4■■■□□ 2,46
Trim39Q9ESN2 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,03■■■□□ 2,4
Trim39Q9ESN2 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,87■■■□□ 2,37
Trim39Q9ESN2 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,62■■■□□ 2,33
Trim39Q9ESN2 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,47■■■□□ 2,31
Trim39Q9ESN2 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC29,34■■■□□ 2,29
Trim39Q9ESN2 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,85■■■□□ 2,21
Trim39Q9ESN2 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC28,74■■■□□ 2,19
Trim39Q9ESN2 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,61■■■□□ 2,17
Trim39Q9ESN2 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC28,47■■■□□ 2,15
Trim39Q9ESN2 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28,45■■■□□ 2,14
Trim39Q9ESN2 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,3■■■□□ 2,12
Trim39Q9ESN2 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC28,07■■■□□ 2,08
Trim39Q9ESN2 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,04■■■□□ 2,08
Trim39Q9ESN2 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,96■■■□□ 2,07
Trim39Q9ESN2 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,88■■■□□ 2,05
Trim39Q9ESN2 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim39Q9ESN2 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27,63■■■□□ 2,01
Trim39Q9ESN2 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,61■■■□□ 2,01
Trim39Q9ESN2 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,56■■■□□ 2
Trim39Q9ESN2 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,53■■■□□ 2
Trim39Q9ESN2 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,5■■□□□ 1,99
Trim39Q9ESN2 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,5■■□□□ 1,99
Trim39Q9ESN2 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,49■■□□□ 1,99
Trim39Q9ESN2 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,46■■□□□ 1,99
Trim39Q9ESN2 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,42■■□□□ 1,98
Trim39Q9ESN2 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC27,33■■□□□ 1,97
Trim39Q9ESN2 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,29■■□□□ 1,96
Trim39Q9ESN2 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,26■■□□□ 1,96
Trim39Q9ESN2 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,26■■□□□ 1,95
Trim39Q9ESN2 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC27,03■■□□□ 1,92
Trim39Q9ESN2 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC26,97■■□□□ 1,91
Trim39Q9ESN2 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,95■■□□□ 1,9
Trim39Q9ESN2 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC26,94■■□□□ 1,9
Trim39Q9ESN2 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,94■■□□□ 1,9
Trim39Q9ESN2 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,93■■□□□ 1,9
Trim39Q9ESN2 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,83■■□□□ 1,89
Trim39Q9ESN2 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC26,8■■□□□ 1,88
Trim39Q9ESN2 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,74■■□□□ 1,87
Trim39Q9ESN2 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,64■■□□□ 1,86
Trim39Q9ESN2 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,64■■□□□ 1,86
Trim39Q9ESN2 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC26,54■■□□□ 1,84
Trim39Q9ESN2 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC26,53■■□□□ 1,84
Trim39Q9ESN2 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,53■■□□□ 1,84
Trim39Q9ESN2 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC26,45■■□□□ 1,83
Trim39Q9ESN2 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,45■■□□□ 1,82
Trim39Q9ESN2 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC26,34■■□□□ 1,81
Trim39Q9ESN2 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC26,29■■□□□ 1,8
Trim39Q9ESN2 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC26,25■■□□□ 1,79
Trim39Q9ESN2 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC26,22■■□□□ 1,79
Trim39Q9ESN2 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,19■■□□□ 1,78
Trim39Q9ESN2 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,18■■□□□ 1,78
Trim39Q9ESN2 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,17■■□□□ 1,78
Trim39Q9ESN2 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,14■■□□□ 1,77
Trim39Q9ESN2 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,13■■□□□ 1,77
Trim39Q9ESN2 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26,06■■□□□ 1,76
Trim39Q9ESN2 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,06■■□□□ 1,76
Trim39Q9ESN2 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,05■■□□□ 1,76
Trim39Q9ESN2 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,98■■□□□ 1,75
Trim39Q9ESN2 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25,96■■□□□ 1,75
Trim39Q9ESN2 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC25,96■■□□□ 1,75
Trim39Q9ESN2 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC25,95■■□□□ 1,75
Trim39Q9ESN2 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC25,92■■□□□ 1,74
Trim39Q9ESN2 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,92■■□□□ 1,74
Trim39Q9ESN2 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,9■■□□□ 1,74
Trim39Q9ESN2 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,85■■□□□ 1,73
Trim39Q9ESN2 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,8■■□□□ 1,72
Trim39Q9ESN2 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC25,77■■□□□ 1,72
Trim39Q9ESN2 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,77■■□□□ 1,72
Trim39Q9ESN2 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,74■■□□□ 1,71
Trim39Q9ESN2 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC25,74■■□□□ 1,71
Trim39Q9ESN2 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC25,74■■□□□ 1,71
Trim39Q9ESN2 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,72■■□□□ 1,71
Trim39Q9ESN2 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25,71■■□□□ 1,71
Trim39Q9ESN2 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC25,71■■□□□ 1,71
Trim39Q9ESN2 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25,7■■□□□ 1,7
Trim39Q9ESN2 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25,68■■□□□ 1,7
Trim39Q9ESN2 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC25,64■■□□□ 1,7
Trim39Q9ESN2 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25,62■■□□□ 1,69
Trim39Q9ESN2 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25,51■■□□□ 1,67
Trim39Q9ESN2 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,5■■□□□ 1,67
Trim39Q9ESN2 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25,49■■□□□ 1,67
Trim39Q9ESN2 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC25,47■■□□□ 1,67
Trim39Q9ESN2 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC25,46■■□□□ 1,67
Trim39Q9ESN2 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,42■■□□□ 1,66
Trim39Q9ESN2 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,41■■□□□ 1,66
Trim39Q9ESN2 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,39■■□□□ 1,66
Trim39Q9ESN2 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25,28■■□□□ 1,64
Trim39Q9ESN2 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25,24■■□□□ 1,63
Trim39Q9ESN2 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25,23■■□□□ 1,63
Trim39Q9ESN2 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC25,22■■□□□ 1,63
Trim39Q9ESN2 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,22■■□□□ 1,63
Trim39Q9ESN2 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,2■■□□□ 1,63
Trim39Q9ESN2 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,19■■□□□ 1,62
Trim39Q9ESN2 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,19■■□□□ 1,62
Trim39Q9ESN2 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC25,19■■□□□ 1,62
Trim39Q9ESN2 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,16■■□□□ 1,62
Trim39Q9ESN2 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25,15■■□□□ 1,62
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