Protein–RNA interactions for Protein: Q60641

Nr1h4, Bile acid receptor, mousemouse

Predictions only

Length 488 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nr1h4Q60641 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Nr1h4Q60641 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Nr1h4Q60641 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Nr1h4Q60641 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Nr1h4Q60641 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Nr1h4Q60641 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Nr1h4Q60641 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Nr1h4Q60641 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Nr1h4Q60641 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Nr1h4Q60641 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
Nr1h4Q60641 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Nr1h4Q60641 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Nr1h4Q60641 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Nr1h4Q60641 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Nr1h4Q60641 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Nr1h4Q60641 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.8 ms