Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Syn1-201ENSMUST00000081893 3209 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Lire1P11260 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Tnxb-202ENSMUST00000168533 9381 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Ispd-207ENSMUST00000223205 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Nek2-201ENSMUST00000027931 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Trap1-201ENSMUST00000006137 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gm16867-201ENSMUST00000179116 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gm43042-201ENSMUST00000198676 1820 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Mief1-203ENSMUST00000228788 5352 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Sgsm2-202ENSMUST00000081799 4873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Kcmf1-201ENSMUST00000068697 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Stam-202ENSMUST00000102960 5000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Hist2h2aa2-201ENSMUST00000074976 528 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Hist2h2aa1-201ENSMUST00000078756 586 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Hist2h2ac-201ENSMUST00000090782 520 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Celf3-201ENSMUST00000029784 2744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Lmtk2-201ENSMUST00000041804 8114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gldc-201ENSMUST00000025778 3754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Rab11fip5-202ENSMUST00000204087 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Snx14-205ENSMUST00000173011 2238 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Prtg-201ENSMUST00000055535 9148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Nkiras2-201ENSMUST00000017981 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Lrrfip1-201ENSMUST00000068116 2050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Susd1-201ENSMUST00000040166 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Pkn1-201ENSMUST00000005616 6662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Kctd8-201ENSMUST00000054095 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 R3hdm4-201ENSMUST00000045628 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Ppp1r8-202ENSMUST00000105919 1090 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gpr20-201ENSMUST00000064166 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Ptpra-201ENSMUST00000028769 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Wdr86-201ENSMUST00000068693 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Ubfd1-201ENSMUST00000033158 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Pgrmc2-201ENSMUST00000058578 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Ctf1-201ENSMUST00000047393 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Nat8f7-201ENSMUST00000160534 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Nat8f3-201ENSMUST00000050780 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Itpripl2-201ENSMUST00000178344 6865 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Atg4c-201ENSMUST00000030279 3178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Fmnl2-202ENSMUST00000050719 3380 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Usp32-202ENSMUST00000108075 7053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Gtf2h2-201ENSMUST00000066940 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Zdhhc13-201ENSMUST00000118927 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Tnfrsf1a-201ENSMUST00000032491 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Lire1P11260 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Zfp444-203ENSMUST00000108566 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Irgc1-204ENSMUST00000205776 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Btbd11-203ENSMUST00000105307 5788 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Pqlc3-201ENSMUST00000054536 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Zfc3h1-201ENSMUST00000036044 6957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Rhobtb2-201ENSMUST00000022665 5322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Soga3-201ENSMUST00000092629 4105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Galnt13-203ENSMUST00000112635 7531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Tlk2-204ENSMUST00000106941 3699 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Vstm5-201ENSMUST00000034413 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Vsig10l-204ENSMUST00000203769 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Lire1P11260 I0C0044D17Rik-201ENSMUST00000097964 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.1 ms