Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC9Q9Y3X0 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms