Protein–RNA interactions for Protein: Q99PQ2

Trim11, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM11, mousemouse

Predictions only

Length 467 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim11Q99PQ2 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC27,72■■■□□ 2,03
Trim11Q99PQ2 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,72■■■□□ 2,03
Trim11Q99PQ2 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,71■■■□□ 2,03
Trim11Q99PQ2 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC27,7■■■□□ 2,03
Trim11Q99PQ2 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC27,69■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,69■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,68■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,66■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,66■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,65■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,64■■■□□ 2,02
Trim11Q99PQ2 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC27,64■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27,64■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC27,63■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,61■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,61■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC27,59■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC27,59■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC27,59■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC27,59■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,59■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC27,59■■■□□ 2,01
Trim11Q99PQ2 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,57■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC27,57■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27,57■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,57■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC27,55■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC27,55■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,54■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27,54■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27,54■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC27,53■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC27,53■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC27,52■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC27,52■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,52■■■□□ 2
Trim11Q99PQ2 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27,51■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC27,51■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,51■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,51■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,49■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC27,49■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC27,49■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,49■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,49■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC27,48■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,48■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,47■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC27,46■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27,45■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,45■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,45■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC27,45■■□□□ 1,99
Trim11Q99PQ2 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,43■■□□□ 1,98
Trim11Q99PQ2 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,43■■□□□ 1,98
Trim11Q99PQ2 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27,41■■□□□ 1,98
Trim11Q99PQ2 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27,41■■□□□ 1,98
Trim11Q99PQ2 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,41■■□□□ 1,98
Trim11Q99PQ2 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC27,39■■□□□ 1,98
Trim11Q99PQ2 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,39■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,39■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,37■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC27,37■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,37■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC27,36■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,36■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,36■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,36■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC27,34■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC27,34■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,34■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,34■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,33■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,33■■□□□ 1,97
Trim11Q99PQ2 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,32■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,32■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,32■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,31■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC27,31■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC27,31■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC27,3■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,3■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,3■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,29■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27,28■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,28■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC27,27■■□□□ 1,96
Trim11Q99PQ2 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC27,25■■□□□ 1,95
Trim11Q99PQ2 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,25■■□□□ 1,95
Trim11Q99PQ2 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,24■■□□□ 1,95
Trim11Q99PQ2 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,24■■□□□ 1,95
Trim11Q99PQ2 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,24■■□□□ 1,95
Trim11Q99PQ2 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC27,23■■□□□ 1,95
Trim11Q99PQ2 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC27,23■■□□□ 1,95
Trim11Q99PQ2 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27,23■■□□□ 1,95
Trim11Q99PQ2 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,22■■□□□ 1,95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20,4 ms